![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756754.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
开源工具
文章平均质量分 76
王元启的生信记录
致力于质谱数据处理分析、图像数据前处理、深度学习算法优化、AI绘画领域及数据分析技术的推广和应用。一枚野生爱好家,欢迎大家的关注,感谢大家的喜欢,继续坚持写下去!!!
展开
-
软件包分享|Calib-RT:对DIA质谱数据进行肽保留时间的非线性校正
该算法应满足单调递增约束的要求,同时能够消除拟合数据中的噪声,因为迭代和非迭代识别过程都不可避免地会在校准数据中涉及噪声。原创 2024-07-14 18:22:50 · 879 阅读 · 0 评论 -
MSDIAL|让你轻松学会最简单的代谢/蛋白组学数据处理
今天分享一下代谢组学数据处理常用的一个软件—MSDIAL,该软件可以下载后离线使用,目前是已经更新到MSDIAL5版本,可以针对蛋白组学数据进行处理。可以进行代谢组学、外泌体组学、脂质组学、蛋白组学、糖蛋白组学等分析。新版本对数据依赖性采集和数据非依赖性采集的数据都可进行分析,主要包括GC-MS、LC-MS(DDA)、SWATH-MS、AIF-MS、LC-IM-MS(PASEF)、LC-IM-AIF-MS类型。除此以外,还可以进行数据的后续分析及定量结果的导出,例如PCA分析等。原创 2024-07-11 23:31:34 · 648 阅读 · 0 评论 -
Nature methods| 使用scPROTEIN工具让你的单细胞蛋白组学数据分析更上一层楼
首先,对于提供原始肽信号强度的数据集,我们提出了一个多任务异方差回归模型来估计肽定量的不确定性,并以不确定性引导的方式将肽含量聚合到蛋白质水平(图a)。为了提高构建蛋白质丰度数据的精度,建议采用为肽分配不确定性权重的方法来提高蛋白质丰度数据的准确性。其次,由于样品制备过程中的样品损失,并不是所有的组成肽内容都被输送到质谱仪,这对单细胞蛋白质组学来说是一个至关重要的问题。肽注入质谱仪后,在数据依赖型采集模式中,肽的信号强度会受到其电离效率和母离子峰选择的影响,从而可能导致单细胞蛋白质组数据中出现噪声或缺失。原创 2024-06-25 14:07:03 · 267 阅读 · 0 评论