单细胞蛋白组学数据处理
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致力于质谱数据处理分析、图像数据前处理、深度学习算法优化、AI绘画领域及数据分析技术的推广和应用。一枚野生爱好家,欢迎大家的关注,感谢大家的喜欢,继续坚持写下去!!!
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Nature methods|scPerturb:单细胞数据扰动怎么办?看看这篇文章或许你就有思路
今天分享的是单细胞数据扰动的处理,由于数据互操作性差,对越来越多的单细胞扰动数据集的分析受到阻碍。下图a展示了E距离之间的计算。这种距离测量描述了用不同扰动处理的细胞表达谱之间的差异或相似性,从而推断独特或共享的机制或识别扰动目标,这些目标往往会产生分子谱的类似变化。原创 2024-07-19 15:57:08 · 919 阅读 · 0 评论 -
必须要收藏的单细胞组学数据批次效应校正方法(方法篇)
总结了最近十年的批次效应校正方法,方法包括:MNN correct、Harmony、Combat、fastMNN、limma、scGen、Seurat2、Seurat3、Scanorama、MND-ResNet、ZINB-WaVE、scMerge、LIGER、BBKNN、BUS、BEER、scVI、BERMUDA、DESC、ResPAN、fRMA、SCAN、SVA。原创 2024-06-28 18:03:52 · 819 阅读 · 0 评论 -
为什么这么好的单细胞蛋白组学数据分析,没有人看呢|DeepSCP工具
今天继续分享FDR计算开源工具,前面分享过Dart-ID算法,今天的主角是—DeepSCP,前几天找代码作者要了相关的数据,今天就能实际操作一遍。原创 2024-06-21 12:39:33 · 398 阅读 · 0 评论 -
做蛋白组学数据分析,竟然还不会使用DIA-NN软件,走过路过不要错过,进来免费学习!!!
蛋白组学分析工具DIA-NN使用原创 2024-06-17 14:51:20 · 1155 阅读 · 3 评论 -
单细胞蛋白组学数据处理
原文章链接:https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cpz1.658.今天复现单细胞蛋白组学数据分析流程,scp数据分析流程(R语言),欢迎大家交流学习!如有疑问,欢迎咨询:kriswcyYQ,欢迎关注微信公众号:质绘元。6.将PSM数据转换为肽段数据。9.肽段数据转换为蛋白数据。10.单细胞蛋白数据前处理。8.单细胞肽段数据前处理。7.单细胞肽段数据过滤。12.监测数据处理结果。翻译 2024-05-30 16:02:51 · 125 阅读 · 0 评论 -
单细胞蛋白组学|控制肽段FDR假阳性,快来使用Dart-ID软件吧
该软件是开发SCopE2分析方法的课题组进行开发的,在此基础上,他们课题组开发了Dart-ID来对肽段进行假阳性的控制,提高肽段鉴定的准确性。原创 2024-06-18 10:16:13 · 849 阅读 · 0 评论 -
proteoCHIP EVO 96样品制备芯片可以让你的单细胞蛋白质组深度更上一层楼
(6)通过离心,将溶液中消化的肽转移到尖端,同时将凝固的十六烷保留在每个纳米孔中,并从Evotip盒中取出现在为空的proteoCHIP EVO 96。(3)在细胞裂解和蛋白质消化过程中,cellenONE®内的甲板温度升高至45°C,熔化十六烷并将细胞完全浸没在MM中,为了加强混合并改善细胞裂解,50 nL H2O在整个2小时的孵育时间内,每2分钟自动将添加到纳米孔中。对于同时裂解和消解,使用了由MS兼容去污剂、蛋白酶(胰蛋白酶,10 ng/μL)和缓冲液(TEAB,100 mM)组成的预混液(MM)。原创 2024-07-21 19:30:51 · 794 阅读 · 0 评论 -
fastMNN|手把手教你理解和实现单细胞批次效应校正方法
fastMNN是MNN的升级版,主要改动是fastMNN采用PCA降维之后的低维空间计算细胞之间的距离,而MNN直接使用原始表达矩阵计算细胞之间的距离,因此分析速度会更快。MNN使用假设:(i)至少有一个细胞群同时存在于两个批次中,(ii)批次效应几乎与生物子空间正交,(iii)批次效应变化远小于不同细胞类型之间的生物效应变化。如果Cell-i在Cell-Set-j中,恰好Cell-j也在Cell-Set-i中,那么Cell-i与Cell-j就是相互最近邻细胞对(即MNN pair)原创 2024-07-03 18:00:03 · 707 阅读 · 0 评论 -
最新最全面的单细胞蛋白组学数据知识库|SingPro
该数据库包含了单细胞分选与制备方法、质谱数据采集方法以及单细胞组学数据分析方法等。原创 2024-06-19 17:08:23 · 374 阅读 · 0 评论 -
探索深度蛋白质组学的利器:FragPipe
FragPipe是一款强大的Java GUI工具,旨在为基于质谱的蛋白质组学数据分析提供全方位的支持。这款开源项目是Nesvilab实验室的杰作,集成了MSFragger这一超快速的搜索引擎和一系列下游处理工具,如Philosopher,Crystal-C以及PTM-Shepherd,确保了从数据检索到结果解释的全程高效。转载 2024-06-24 14:17:24 · 137 阅读 · 0 评论 -
PiSPA:一种新的单细胞蛋白组学分析工作流程,使用无标记定量方法实现深度鉴定
微流控液体处理机器人(a)与插入管阵列(b)以自动拾取操作模式完成了单细胞的分选和单细胞样品的多步骤预处理,包括单靶细胞的分选(c)、纳升级细胞裂解(RG、RapiGest SF)、蛋白质还原(TCEP、三(2-羧乙基)膦)、烷基化(IAA、碘乙酰胺)、 酶消化(Lys-C)和终止消化(FA,甲酸)(d)。样品预处理后,将插入管和样品瓶用作液相色谱系统自动进样器的样品管,以执行样品进样(e)、液相色谱分离(f)和随后的MS检测单细胞中消化的肽组分(g,h)迁移细胞的单细胞蛋白质组学分析。原创 2024-07-21 16:50:10 · 921 阅读 · 0 评论 -
MSDIAL|让你轻松学会最简单的代谢/蛋白组学数据处理
今天分享一下代谢组学数据处理常用的一个软件—MSDIAL,该软件可以下载后离线使用,目前是已经更新到MSDIAL5版本,可以针对蛋白组学数据进行处理。可以进行代谢组学、外泌体组学、脂质组学、蛋白组学、糖蛋白组学等分析。新版本对数据依赖性采集和数据非依赖性采集的数据都可进行分析,主要包括GC-MS、LC-MS(DDA)、SWATH-MS、AIF-MS、LC-IM-MS(PASEF)、LC-IM-AIF-MS类型。除此以外,还可以进行数据的后续分析及定量结果的导出,例如PCA分析等。原创 2024-07-11 23:31:34 · 1012 阅读 · 0 评论 -
Nature methods| 使用scPROTEIN工具让你的单细胞蛋白组学数据分析更上一层楼
首先,对于提供原始肽信号强度的数据集,我们提出了一个多任务异方差回归模型来估计肽定量的不确定性,并以不确定性引导的方式将肽含量聚合到蛋白质水平(图a)。为了提高构建蛋白质丰度数据的精度,建议采用为肽分配不确定性权重的方法来提高蛋白质丰度数据的准确性。其次,由于样品制备过程中的样品损失,并不是所有的组成肽内容都被输送到质谱仪,这对单细胞蛋白质组学来说是一个至关重要的问题。肽注入质谱仪后,在数据依赖型采集模式中,肽的信号强度会受到其电离效率和母离子峰选择的影响,从而可能导致单细胞蛋白质组数据中出现噪声或缺失。原创 2024-06-25 14:07:03 · 292 阅读 · 0 评论