MSDIAL|让你轻松学会最简单的代谢/蛋白组学数据处理

最近比较忙，更新比较慢，今天分享一下代谢组学数据处理常用的一个软件—MSDIAL，该软件可以下载后离线使用，目前是已经更新到MSDIAL5版本，可以针对蛋白组学数据进行处理。（注：MSDIAL3/4不能处理蛋白组学数据；需要对原始数据进行转换后才能导入软件中进行分析。）

数据分析类型：

新版本对数据依赖性采集和数据非依赖性采集的数据都可进行分析，主要包括GC-MS、LC-MS(DDA)、SWATH-MS、AIF-MS、LC-IM-MS(PASEF)、LC-IM-AIF-MS类型。

输入数据：

新版本不需要对原始数据进行转换，可直接进行分析，适用于多种仪器类型、不同色谱技术、不同离子化方式、不同离子迁移方法及不同质谱采集方式的数据输入。可以进行代谢组学、外泌体组学、脂质组学、蛋白组学、糖蛋白组学等分析。

数据分析：

对原始数据进行峰识别，物质鉴定及保留时间对齐等操作，可以在软件中查看详细的注释信息。除此以外，还可以进行数据的后续分析及定量结果的导出，例如PCA分析等。

软件操作：

以代谢组学数据处理为例，进行数据分析，参考链接：

Metabolomics – MS-DIAL 5 tutorial (systemsomicslab.github.io)

以蛋白组学数据处理为例，参考链接：

Proteomics – MS-DIAL 5 tutorial (systemsomicslab.github.io)

以脂质组学数据处理为例，参考链接：

Lipidomics – MS-DIAL 5 tutorial (systemsomicslab.github.io)

软件优势：

1. 可以不用编写代码进行代谢物、蛋白质等物质鉴定；

2. 软件操作界面友好，方法简单，上手分析快；

3. 适用多种原始数据直接进行分析，省去数据转换步骤；

4. 结果文件注释信息较多，可提取更多有用的信息。

软件缺点：

1. 使用公共库进行物质鉴定，部分特殊样本类型不适用；

2. 大样本量数据分析可能会存在报错等；

3. 鉴定结果准确性有待商榷。

欢迎大家关注并相互学习，欢迎大家关注微信公众号：质绘元，如有疑问，请联系管理员：kriswcyYQ进行解决。