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原创 Linux下,CheckV的安装及使用(含HMMER、prodigal、diamond的安装)
linux系统下,CheckV、HMMER、DIAMOND、prodigal安装
2024-01-25 14:17:34
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原创 Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
这三个数据类型之间存在层次关系。Reads 是从原始测序数据中获得的,而 Metagenomic Assembly 则是对 Reads 进行更深入的分析和组装得到的结果。Reads 提供了初步的、整体的微生物群落信息,Metagenomic Assembly 提供了更大、更完整的基因组片段,而 Custom MAGs 允许研究者更有针对性地研究特定微生物群体。Custom MAGs 的选择通常基于研究者对微生物群体的特殊关注,可以是生态学上的关注、功能学上的关注,或者是对特定物种的深入研究。
2024-01-22 14:48:37
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原创 Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装、配置与使用方法解读
Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装与环境配置全流程解读,含conda activate报错解决方法
2024-01-19 14:26:55
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原创 宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件,数据结果表现优秀——共输出5个文件夹及14个单独的文件,transcripts.fasta是主要结果文件。
2024-01-18 11:07:25
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原创 Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(e.g. sqlen>1000)——awk命令
2024-01-16 11:25:34
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原创 宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读
宏数据组装软件mataSPAdes输出文件解读——共7个文件夹和16个单独文件,scaffolds.fasta是最终组装结果
2024-01-16 10:24:27
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原创 linux系统下,fasta格式转为fastq
在生物信息学分析中常需要用到,将fasta格式的序列转为fastq,而后再压缩为fastq.gz格式上传。本篇记录如何将在linux系统中将fasta格式文件转为fastq.
2023-11-16 23:28:53
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空空如也
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