Linux下，CheckV的安装及使用（含HMMER、prodigal、diamond的安装）

最新推荐文章于 2024-08-30 10:36:35 发布

WDPLA

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文章标签： linux 运维服务器

本文链接：https://blog.csdn.net/wdplaaa/article/details/135841334

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本文介绍了如何在遇到conda安装和数据库下载问题时解决，包括权限不足、文件损坏等报错，以及如何下载并安装DIAMOND、HMMER和Prodigal等依赖工具，最后是CheckV的使用链接。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 下载

#conda环境
conda install -c conda-forge -c bioconda checkv
#数据库下载
checkv download_database ./

#可能出现的报错

报错1:conda安装失败——可能是权限不够，尝试root下载，“sudo su-”可进入root账户

报错2: 数据库下载失败——

可能报错原因：

这个报错的原因是在尝试解压缩文件时，检测到文件已经在文件结束标志之前结束，导致了 EOFError（文件结束错误）。这可能是由于下载的文件损坏、下载不完整或者解压缩时出现了问题。也可能缺少一些依赖项，如DIAMOND、HMMER、Prodigal-gv，这几个依赖项的安装步骤如下：

#下载diamond
conda install -c bioconda -c conda-forge diamond
#升级diamond
conda update diamond

#下载prodigal
conda install -c bioconda prodigal-gv

#装载hmmer
   % wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
   % tar zxf hmmer.tar.gz
   % cd hmmer-3.4
   % ./configure --prefix /usr/local  # replace /your/install/path with what you want, obv ,这里我用root权限下载到了/usr/local，这样安装的软件不会与系统包管理器中的软件发生冲突，并且可以方便地由系统中的其他用户访问。
   % make                                      # 该步骤时间较长
   % make check                                # optional: run automated tests
   % make install                              # optional: install HMMER programs, man pages
   % (cd easel; make install)                  # optional: install Easel tools

2. 使用

checkv end_to_end

CheckV链接：Bitbucket

DIAMOND链接：https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki/2.-Installation

prodigal链接：https://github.com/apcamargo/prodigal-gv

HMMER链接：https://github.com/apcamargo/prodigal-gv