常用比对软件集合

比对软件

来啦@-@，今天给大家分享一下几款小编常用的比对软件。

Bwa

适用范围：二代测序数据快速比对到genome上。

bwa作为序列比对界的模式软件，短小精悍，适用于多种场合，很有必要搞懂他内部的比对算法，最好也搞懂它是如何实现的。

建立索引：

bwa index in.fasta

索引建立好之后会生成五个文件，后缀分别是：

bwt,pac,ann,amb,sa

常见比对命令：

BWA-backtrack：illumina reads比对，最长支持100bp（aln/samse/sampe）
bwa aln ref.fa R1.fq > aln1_sa.sai
bwa aln ref.fa R2.fq > aln2_sa.sai
bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.saiR1.fq R2.fq > aln-pe.sam
BWA-SW：long-read比对，长度为70bp-1Mbp；支持剪切性比对（bwasw）
bwa bwasw ref.fa R1.fq R2.fq > aln-pe.sam
BWA-MEM：最新，最常用，同SW，但更准更快，与backtrack相比在70-100bp更具性能优势（mem）
bwa mem ref.fa R1.fq R2.fq > aln-pe.sam

Bowtie/Bowtie2

适用范围：将短序列拼接至模板基因组。

Bowtie在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。

Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheele