NCBI|转录组原始数据上传

最新推荐文章于 2024-05-11 12:01:33 发布
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数据上传NCBI系列又来啦！今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：如果你有NCBI账号可以直接登录如果你没有NCBI账号，就进行注册操作你可以选择以下注册平台进行注册注册完成后，就可以进入NCBI页面啦~2.点击上传模块，开始申请编号操作啦！点击我的提交进入Biosample点击新的提交3.接下来填写提交
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数据上传NCBI系列又来啦！今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~

01.申请Biosample编号

1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：


如果你有NCBI账号可以直接登录

如果你没有NCBI账号，就进行注册操作

你可以选择以下注册平台进行注册

注册完成后，就可以进入NCBI页面啦~

2.点击上传模块，开始申请编号操作啦！

点击我的提交

进入Biosample

点击新的提交

3.接下来填写提交者的基本信息

4.点击继续，进入下一步选择释放日期和样本数量

5.选择样品的类型，小编这里以真核藻类样品为例选择

7.填写表格数据，小编以下载Excel表格为例进行操作：

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上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
weixin_34117211的博客
05-29 4655
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了，审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群，不可能放在个人电脑上，因为有的数据大的吓人（几个T）。 所以我们就建一个文件夹，然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了（copy太慢，也太占空间）。 接下来，如何NCBI账号申请好了，那就可以直接上传了，用aspera来上传。 命令如下： ...
不用form提交数据_“不看会后悔”系列之——最新NCBI数据上传流程（二）
weixin_39704066的博客
12-11 2444
基因组De novo数据上传流程 (一)上一期里，我们为大家分享了微生物组和转录组项目数据的上传流程。作为组学研究的重头工作，基因组数据上传的流程更为琐碎细致，内容也更多，“难度系数”高到堪称“引无数英雄竞折腰~”。至今想来，当年大师兄在做数据上传时痛苦到抓耳挠腮的画面仍历历在目……不着急，从今天起，凌恩生物团队将为您带来最新版基因组De novo项目数据上传NCBI的超详细教程，帮您轻...
基于SPSS的正态性检验方法汇总——以个股收益率为例（超详细）
weixin_42315235的博客
10-15 7148
用SPSS对个股收益率的正态性进行检验（超详细）数据的获取将Excel文件导入到SPSS中正态性检验方法图示法直方图P-P图Q-Q图计算法偏度和峰度Shapiro - Wilk检验和Kolmogorov - Smirnov检验结论 网上的很多教程讲的比较概括，零基础的小白用起来可能比较困难，本文整理了较详细的使用方法，希望对大家有所帮助。 数据的获取 个股的收益率可从锐思数据库（RESSET）中获取，大多数高校的图书馆已购买。 从图书馆数据库中选择RESSET金融研究数据库。 选择日期和股票代码。 选择需
有参转录组实战11-上传转录组到NCBI
最新发布
liangjinghui123的博客
05-11 553
传转录组的原始数据到NCBI
NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
bioyigene的博客
10-17 2291
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
NCBI数据上传（四）：小基因组数据
bioyigene的博客
11-14 1995
数据上传系列已经给大家相继推送了扩增子、转录组、蛋白组学原始数据上传教程，有不少老师在基因组上传过程中也存在着一些疑问，反馈说能否把细菌、病毒、叶绿体和线粒体等小基因组数据上传流程整理发布下，所以这篇小基因组数据上传的推文也就马不停蹄地给大家整理出来啦！话不多说，小基因组数据上传详细步骤给大家奉上!
获得原始测序开始：转录组数据处理流程-上游分析（上）
weixin_64108997的博客
05-22 4839
（1）从NCBI数据库查找想要用来练手的数据，我这里用的是甘草（Glycyrrhiza）作例子 这里的数据都是别人上传的转录组测序数据，在这我简单的只选取一个测序样来分析，选择第三个点进去是这样的界面： 左下角有段标签是我们要用到的SRR18163533 打开linux 需要下载SRAtoolkit软件（该软件功能是从ncbi下载数据并可以将sra文件转换为fastaq文件） ..
从NCBI批量下载数据
qq_50637636的博客
03-13 3005
NCBI下载文献中提到的数据时，都会遇到数据较多，下载较慢的问题，本文提供了一个shell脚本可以批量化下载数据，提高工作效率。比如说，有一个Project号为PRJNA229998，GEO号为GSE52778的项目（转录组数据既有Project号也有GEO号，两者对应的同一个项目），该项目测了哮喘病人服用两种药后气道平滑肌的转录组，网址为，我想要下载服用Alb这种药和对照组为服药的转录组数据，大体分为三步走，一是拿到SRA号，二是筛选想要的SRA号，三是下载。
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
09-24
RefSeq（Reference Sequence）是NCBI维护的一个高质量序列数据库，旨在提供一个稳定的参考框架，用于研究各种生物体的基因组、转录组和蛋白质组学信息。本篇文章将详细介绍如何从NCBI RefSeq中下载特定物种的蛋白质...
NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli
04-27
其中，SRA（Sequence Read Archive）是NCBI维护的一个大型数据库，用于存储高通量测序产生的原始数据。为了方便科研人员上传大规模的测序数据到SRA，NCBI提供了一个命令行工具——aspera-cli。 Aspera是由IBM开发的...
ngopt:Illumina 序列数据的从头组装和分析-开源
05-30
对于这些数据的处理，一个重要的步骤是进行“从头组装”（de novo assembly），即将短读序列拼接成更长的连续序列，以重建基因组或转录组的结构。在这个过程中，“ngopt：Illumina 序列数据的从头组装和分析-开源”...
基因组工具
02-10
在基因组分析中，首先需要对原始测序数据进行质量控制，这通常涉及使用像FastQC这样的工具来检查数据质量，然后使用Trimmomatic或Cutadapt等工具去除低质量的读段。接下来，对质控后的数据进行比对，可以使用BWA、...
NCBI_Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读_20191
08-08
- 相关文献引用了原始的实验数据来源，提供了一个研究背景和方法的概述。 7. **Accession Numbers**： - Accession Number 是序列的唯一标识符，可用于在其他数据库或文献中引用这个序列。 8. **Features Table*...
RNA-seq分析：Step2（数据的下载）
沉香best的博客
08-20 2835
转录组测序原始文件和基因组数据的下载是进行转录组分析的重要步骤，本文中，以拟南芥的RNA-seq数据为例子，进行RNA原始测序数据的下载和基因组文件的下载。
用项目号在NCBI中下载项目数据
m0_58709662的博客
02-22 625
处理SRA文件命令：sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --gzip --split-files *.sra。下载命令：sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRRXXXXXXXX。下载结果：SRRXXXXXXXX.sra。点进去查找一个SRR开头的编码。搜索结果为该项目下的所有数据。安装SRAToolkit工具。
最新 NCBI 上传测序数据教程 （图文详解）
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Baimoc
04-14 2万+
1、登录或注册用户 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/ 2、进入SRA 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/ 向下滚动，找到Sequence Read Archive (SRA)工具，点击Submit 2、新建提交 3、按要求填写信息 4、使用ascp ascp -i /mnt/h/work/aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d /mnt/h/work/ncbi_upload/raw/ sub
原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）
醉月伐桂戏嫦娥的博客
07-07 3927
写在前面：大家发表文章或者储存数据等，可能会用到NCBI。那么，到底怎么上传呢？初传着可能会碰到各种疑问，可能试了好多次，无果，咨询同门仍是无果，大家涉及的内容有动植物微生物等，转录组、基因组等等不一，方法也不尽相同。为了避免多走弯路，下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤： 1.打开网站，找到提交处，并注册登录 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 登录后，新提交 第一步 第二步 第三步 第四步：可能是最麻烦的一步 示例EXCEL 之后，点继续下一步，同样下载示例，修改填
NCBI数据下载的几种方法
ma1239631998的博客
01-09 1万+
批量下载Genbank中的数据
ncbi下载转录组数据
07-27
要下载NCBI上的转录组数据，你需要按照以下步骤进行操作： 1. 首先，你需要注册或登录NCBI账号。如果你已经有账号，直接登录即可。如果没有账号，你需要进行注册。你可以在NCBI网页（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）上找到注册入口并按照指示完成注册过程。\[2\] 2. 登录后，点击上传模块，开始申请编号操作。进入Biosample页面，你可以将原始数据上传到NCBI上。\[2\]\[3\] 3. 上传完成后，点击提交按钮。提交成功后，你需要等待1-2天的时间，NCBI会发送一封邮件告知你数据上传成功。\[3\] 4. 在数据上传成功后，你可以使用SRA号来搜索并下载你想要的转录组数据。你可以在NCBI的网站上使用SRA号进行搜索，并按照指示下载数据。\[1\] 请注意，以上步骤仅适用于在NCBI上已经上传了转录组数据的情况。如果你想要下载其他研究者已经上传的数据，你可以在NCBI的数据库中搜索相关项目，并按照指示下载数据。 希望这些步骤对你有帮助！如果还有其他问题，请随时向我提问。 #### 引用[.reference_title] - *1* [从NCBI批量下载数据](https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/129501879)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [NCBI|转录组原始数据上传](https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/120951371)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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