今天给大家介绍MITOS这个线粒体在线注释网站,该网站主要用来注释动物线粒体和部分真菌,但是不推荐用来注释植物的线粒体。
小编主要从版本、使用说明、注释结果说明、注意事项、注释文件这五个方面来进行介绍。
一、版本
MITOS网站有新版(http://mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py)和旧版(http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de/index.py)两种版本。小编推荐大家使用新版界面,相对与旧版,新版界面操作更方便,数据库较新,注释信息更全,并且可以预测线粒体OH(repeat origin、control region)区,这是旧版所不具备的。
二、使用说明
今天小编用某一昆虫的线粒体序列(环状序列,完整的线粒体序列)来说明MITOS网站的使用步骤。
1.NCBI下载线粒体序列
该昆虫线粒体序列下载网址是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU725832.1/,文件以fasta文件存储。
2.序列上传注释
打开新版MITOS界面,上传从NCBI下载的fasta文件,调整参数。小编注释的是昆虫线粒体,所以在这里选择“Metazoa”(后生动物)、“5 Invertebrate”(无脊椎动物),其余注释选项暂且使用默认参数,然后点击“submit”开始注释。
Reference:
Fungi:真菌
Metazoa:后生生物
Opistbokonta:后鞭毛生物
Genetic Code:
2 Vertebrate :脊椎动物
3 Yeast :酵母
4 Mold:霉菌
5 Invertebrate:无脊椎动物
9 Echinoderm:棘皮动物
13 Ascidian:海鞘类
14 Alternative Flatworm:扁虫