可变剪切|rmats

最新推荐文章于 2024-01-24 07:01:59 发布

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文章标签：可变剪切

本文链接：https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/121573914

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可变剪切

可变剪切(或选择性剪切)是一个过程，即主要基因或者mRNA前体转录所产生的RNA的外显子以多种方式通过RNA剪切进行重连。由此产生的不同的mRNA可能被翻译成不同的蛋白质构体，因此，一个基因可能编码多种蛋白质。

rmats

下面是小编使用rmats进行可变剪切的步骤，大家感兴趣可以瞅瞅。

1.下载好对应参考序列的gff文件以及fasta文件
可用gffread进行转换
gffread *.gff -T -o *.gtf

2.对参考序列建立索引并生成bam文件（可选择STAR或HISAT2）

STAR
STAR建立索引–limitGenomeGenerateRAM可根据报错结果进行选择

STAR --runThreadN 40 --runMode genomeGenerate --genomeDir build --genomeFastaFiles ref.fasta --sjdbGTFfile genome.gtf --sjdbOverhang 100

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