中级联选择中多级选择方法使用_使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号...

EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 和 XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的方法。其中，EHH 和 iHS 是检测一个群体中的选择信号，而 XP-EHH 是在两个群体中进行比较。

Hapbin 是一个 C++ 写的工具，可以计算 EHH、iHS 和 XP-EHH。类似工具还有 selscan、rehh 等，而 hapbin 的操作更为方便，速度也非常快。下面简单介绍一下它的使用方法。

编译

Hapbin 需要从源码编译成可执行文件：

git clone https://github.com/evotools/hapbin.git
cd hapbin/build/
cmake ../src/
make

编译成功后，把 build 目录加在环境变量配置文件 .bash_profile 或 .bashrc 中即可：

export PATH=/shiyanhe/softwares/hapbin/build:$PATH

编译过程依赖 GCC 4.7 以上版本，如果上面的编译失败，需要安装新版本的 GCC 再重新编译：

# 在 Ubu