薛定谔 | 共价对接

薛定谔的共价对接前面的准备部分和常规对接相似，不同点在于共价对接不需要生成配体分子格点文件，做完前面两步（对蛋白、配体预处理）之后就可以进入对接页面了：

1. prepare protein模块对蛋白预处理；

此步对蛋白去除无用链、去除结晶分子、去除水分子、加氢、能量最小化。

2. ligprep模块对配体分子预处理；

对配体分子质子化、生成所有可能的同分异构体。

3. 点击Covalent Docking模块进入共价对接界面

3.1 设定反应残基及对接口袋

3.2 设定反应类型

选择需要的反应类型

如果没有找到需要的反应类型，可以选择从官网下载其他反应类型，并从外部读入：
官网地址：https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock

下图是官网下载页面：

3.3 对接模式选择（精确/快速）

精确对接模式:（速度慢，更精确，适用于预测分析少量配体分子结合模式）

高通量虚拟筛选模式:(速度快，适用于筛选大量化合物，迅速找到潜在的共价结合分子)