python中的系统模块_python中与系统发育相关的模块

最近在学习 Bioinformatics with python cookbook 这本书第六章 Phylogenetics 的内容，了解到python中与系统发育相关的两个模块 Dendropy和 ete3 (A Python framework for the analysis and visualization of trees)，浏览ete3的文档的时候发现了很多非常漂亮的图片，第一感觉是和R语言里的ggtree功能很相似，所以觉得还是有必要学习一下。以下内容记录自己重复ete3文档中漂亮图片的过程。(题外话：个人感觉python绘图系统的默认配色比R语言的配色漂亮一点)

第一步 安装

自己 windows 的电脑按住了Anaconda3,直接在DOS命令行下使用easy_install即可安装相应的python模块.(正常应该使用pip install安装也是可以的，但是自己尝试的时候遇到了报错，没有搞清楚是什么原因)

easy_install ete3

第一个简单的小例子

读入树文件，查看，然后保存为pdf文件

from ete3 import Tree

t = Tree("../../Desktop/Malus.output.fasta.treefile")

t.show()

运行完 t.show() 会跳出来一个ETE Tree Browser

25.PNG

有点像figtree

未完待续......

更新

将读入的树文件写入到新文件中

from ete3 import Tree

t = Tree("(A:1,(B:1,(E:1,D:1)Internal_1:0.5)Internal_2:0.5)Root;")

t.write() #输出到屏幕

t.write(outfile="new_tree.nex") #写入到文件中

文档的内容有些枯燥，还是先从重复美图开始吧

t.show()函数运行后会跳出来ETE Tree Browser窗口，将树显示到桌面上

t.render()函数可以将树输出到图片里，可以生成png,pdf,svg格式

一个简单的小例子

from ete3 import Tree, TreeStyle

t = Tree()

t.render("mytree.png",w=183,units="mm")

mytree.png

第二个简单的小例子

from ete3 import Tree

from ete3 import TreeStyle

t = Tree()

t.populate(10)

ts.show_leaf_name = True

ts.mode = "c"

ts.arc_start = -180

ts.arc_span = 180

t.show(tree_style=ts)

t.render("tree.png",tree_style=ts)

tree.png

3、第三个简单的小例子

from ete3 import Tree

t = Tree("((((a1,a2),a3), ((b1,b2),(b3,b4))), ((c1,c2),c3));")

t.render("46.png")

46.png

from ete3 import Tree

from ete3 import NodeStyle

t = Tree("((((a1,a2),a3), ((b1,b2),(b3,b4))), ((c1,c2),c3));")

n1 = t.get_common_ancestor("a1","a2","a3")

nst1 = NodeStyle()

nst1["bgcolor"] = "LightSteelBlue"

n1.set_style(nst1)

t.render("47.png")

47.png

from ete3 import Tree

from ete3 import NodeStyle

from ete3 import AttrFace

from ete3 import faces

from ete3 import TreeSty