c语言系统聚类upgma算法,R语言：UPGMA聚类分析和树状图

导读

非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA或average linkage)是一种较常用的聚类分析方法，可用于分析分类问题，也常被用于微生物多样性研究。下面介绍用R语言中的UPGMA函数分析微生物多样性数据和结果可视化的方法，内容如下：1)模拟(样品、丰度)矩阵数据；2)计算bray curtis相异指数和UPGMA聚类；3)绘制树状图。

1 模拟(样品、丰度)矩阵数据

set.seed(1995)

# 随机种子

data=matrix(abs(round(rnorm(200, mean=1000, sd=500))), 20, 10)

# 随机正整数，20行，20列

colnames(data)=paste("Species", 1:10, sep=".")

# 列名-细菌

rownames(data)=paste("Sample", 1:20, sep=".")

# 行名-样品

data_norm=data

for(i in 1:20){

sample_sum=apply(data, 1, sum)

for(j in 1:10){

data_norm[i,j]=data[i,j]/sample_sum[i]

}

}

# 标准化

data_norm

# 模拟完成的标准化矩阵数据如下：

Species.1 Species.2 Specie