群体遗传学习笔记-基础篇

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群体遗传学介绍

传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠世代。该模型忽略了诸如突变，重组，选择或种群大小或结构变化等影响。更复杂的模型可以包含在实际群体中观察到的影响的不同方面。然而，大多数这些模型都假设群体是以性方式繁殖的。

群体是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个体的共同体，不同个体按某种特征结合在一起，进行共同活动、相互交往，就形成了群体。

有效群体大小：指与实际群体有相同基因频率方差或相同杂合度衰减率的理想群体含量，通常小于绝对的群体大小。

A locus (基因座）是基因组中的一个位置，我们可以在不同的个体中观察一个或几个等位基因。假定群体遗传学中使用的基因座是选择性中性的，可以是anonymous或非编码区，如微卫星基因座（SSR），单核苷酸多态性（SNP）。

A genotytpe (基因型)是特定基因座上给定个体携带的等位基因的组合。携带同一组等位基因的个体被认为具有相同的多基因座基因型 (MLG)。

基因型频率,群体中某一基因型个体占群体总个数的比例。可以反映某一基因型个体在群体中的相对数量。在群体遗传学中基因型频率指在一个种群中某种基因型的所占的百分比。

群体中基本度量标准是多态性，等位基因频率和基因型频率。多态性可以通过多种方式进行估计，例如观察到的多个等位基因的总数。

等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。在一个群体中，等位基因频率即某类等位基因占该基因位点上全部等位基因数的比率。如：在某种群中一个等位基因的基因频率为20%，那么在种群的所有成员中，1/5的染色体带有那个等位基因，