2020.10.27【GWAS】丨使用vcftools绘制pi(θπ) 选择消除分析图

这两天在整理GWAS流程,发现绘制θπ选择消除分析图在网上只能找到计算π的代码,但是没有绘图代码,于是自己搞了一下,供大家参考。

vcftools --vcf AxiomGT1.calls.vcf --window-pi 1000 --window-pi-step 1000 --out GT1_pi

生成两个文件

GT1_pi.windowed.pi

GT1_pi.log

使用GT1_pi.windowed.p文件通过R进行绘图

library(ggplot2)
data<-read.table("GT1_pi.windowed.pi",header=T)
pdf("pi_result.pdf",width=15,height=3)
p <- ggplot(sc3,aes(x=BIN_END/1000000,y=PI,color='N_VARIANTS')) + geom_line(size=0.5) + xlab("Chromosome1 (Mb)")+ ylab("Pi")
p + theme_bw()
dev.off()

数据的‘N_VARIANTS’应该是有两个因子(1,2),所以实际应该对应两条折线,我也使用过color=‘factor(N_VARIANTS)’,还是只画出了一条线,如果有大神能指点一二我将不胜感激。

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