群体遗传学与重测序

1.概念：

群体遗传学（population genetics）：研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。

1.以群体为基本研究单位

2.以基因频率和基因型频率描述群体遗传结构

3.采用数学和统计方法进行研究

4.研究群体遗传结构变化的规律、原因以及在生物进化与新物种形成中的作用。

群体遗传进化：利用全基因组重测序或简化基因组测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息，通过与参考基因组比对或聚类分析的方法得到大量变异信息，基于变异信息讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。群体间的正选择作用，通过遗传分化和选择性清除分析，筛选受到正选泽的基因，用以解释品系的驯化机制或种群的环境适应性进化。

2. 主要应用方向

2.1群体遗传结构研究

通过对不同的群体测序，根据SNP的系统发育分析，对群体结构划分，进而选择处于进化过程中重要的物种。（structure/admixture,pca分析，构建系统发育树）

2.2 人工驯化机制研究

通过对野生型和驯化型群体进行研究，推测群体的亲缘关系，发现人工驯化下受选择的基因，对动植物育种起到重要的指导作用。

2.3 自然选择机制研究

对不同地理环境下的群体进行研究，挖掘适应性进化过程中受选择的基因，为育种提供优质的基因资源。

2.4 种群历史研究

分析物种的可能起源地及各个分布区域中群体的基因变异信息，探索物种的进化过程。基因的交流情况，群体的有效大小，分化时间。

3. 研究目的与内容

驯化机制研究：野生型+驯化型

适应性进化：不同地理环境，如不同海拔高度

种群历史研究：物种可能起源地及各个分布区域

研究目的：利用基因组测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息，得到大量的SNP、InDel、SV和CNV等变异信息，然后基于SNP讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。

分析内容：群体遗传结构：通过系统进化树、主成分分析和群体结构分析等多种分析方法相互验证，准确地对各亚群的亲缘关系及分化情况进行分析，为研究群体的进化历史提供科学依据。

4.取样策略

1.同一物种自然群体的不同亚种或品系；

2.同一物种的不同地理分布的群体；

3.每个群体的样本需能够代表该群体，例如，采样点需在整个分布区均匀分散，不重复对同一克隆群（距离相近）进行采样

4.所研究的不同种群需具有一定的遗传分化和遗传多样性，如遗传分化过小，则可能它们并没有经过足够的时间来产生自然选择，而遗传多样性过低，则会使基于基因频率的Fst分析和选择性清除分析受到影响；

5.材料是否分化，材料分化影响的功能，材料分化的历史

5. 拟解决的生物学问题

1.长期研究的物种驯化机制还未被研究。

2.同一品种的多个群体，想根据群体之间的进化关系划分家系，进而找到分子标记来区分不同的家系。

3.关注的物种只在特定环境（或区域）存在，其适应性进化机制还未被研究。

4.关注的物种在全球范围内都存在，起源地有争议，迁移传播路线不清楚。

5.发现了入侵物种，想解析入侵路线、入侵物种的适应性等。

6.技术路线