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真核生物的DNA并不裸露在外面,而是与组蛋白相结合,即DNA缠绕在组蛋白上(即形成核小体),形成念珠状结构。然后,进一步折叠,压缩,并在其他架构蛋白的辅助作用下,形成染色体。
DNA复制时,DNA需要先从核小体上解下,即打开染色质,这部分开放的染色质叫开放染色质(open chromatin)。而染色质一旦打开,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可进入性(chromatin accessibility)。
如何去寻找开放的染色质区域呢?传统的实验方法主要是借助MNase-seq和DNase I hypersensitivity assay。这两个实验的主要思路是一致的:染色质变得开放,就意味着DNA和组蛋白的浓聚程度降低,就会有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护,这部分 DNA就可以被DNA酶(MNase或DNase I)所切割。然后,我们再把切割完的DNA拿来测序,和已知的全基因组序列相比较,就能发现被切掉的是哪些地方,没有被切掉的地方又在哪里,从而获知开放 的染色质区域。
不过,这两个方法都有明显的缺陷,即耗时费力与重复性差。
2013年,美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性,即ATAC-seq。
DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。
那么,如上图a,我们只要人为地,将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行PCR后测序,就知道哪些区域是开放染色质了。而这也就是ATAC-seq的原理。
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。
相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞/组织量,同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。