ATAC-seq简介

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　　真核生物的DNA并不裸露在外面，而是与组蛋白相结合，即DNA缠绕在组蛋白上（即形成核小体），形成念珠状结构。然后，进一步折叠，压缩，并在其他架构蛋白的辅助作用下，形成染色体。

　　DNA复制时，DNA需要先从核小体上解下，即打开染色质，这部分开放的染色质叫开放染色质（open chromatin）。而染色质一旦打开，就允许一些调控蛋白（比如转录因子和辅因子）跑过来与之相结合。而染色质的这种特性，就叫做染色质的可进入性（chromatin accessibility）。

　　如何去寻找开放的染色质区域呢？传统的实验方法主要是借助MNase-seq和DNase I hypersensitivity assay。这两个实验的主要思路是一致的：染色质变得开放，就意味着DNA和组蛋白的浓聚程度降低，就会有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分 DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase I）所切割。然后，我们再把切割完的DNA拿来测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切掉的是哪些地方，没有被切掉的地方又在哪里，从而获知开放 的染色质区域。

不过，这两个方法都有明显的缺陷，即耗时费力与重复性差。

　　2013年，美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法，利用DNA转座酶结合高通量测序技术，来研究染色体的可进入性，即ATAC-seq。

　　DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被一大坨高级结构给卡住。

那么，如上图a，我们只要人为地，将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行PCR后测序，就知道哪些区域是开放染色质了。而这也就是ATAC-seq的原理。

　　ATAC-seq出来的结果，和传统方法出来的结果具有很强的一致性，同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说，ATAC-seq中的peak，往往是启动子、增强子序列，以及一些反式调控因子结合的位点。

相比起来，ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简单，而且只需要很少的细胞/组织量，同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。

 

 

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