SUPPA 可变剪切分析

 

• SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件。转录本的定量方式有很多，例如count，FPKM, TPM等，作者建议使用TPM，因为先均一化了基因的长度，然后均一化了测序的深度。同时建议使用salmon软件进行定量
• 软件的下载与安装

首先下载salmon二进制版本

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz
tar zxvf salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz -C ../

下面使用小鼠的转录本来建立索引

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/fasta/mus_musculus/cds/Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa.gz
gunzip Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa.gz
perl -lane 'if(/^>/){$id=(split/\./,$_)[0];print $id}else{print}' Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa >Mus_musculus.GRCm38.cds.all.format.fa

使用salmon建立索引

mkdir Mus_musculus.GRCm38.cds.index
export LD_LIBRARY_PATH=/media/sdb/user/yueyao/software/salmon-latest_linux_x86_64/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/media/sdb/user/yueyao/software/salmon-latest_linux_x86_64/bin/salmon index -t Mus_musculus.GRCm38.cds.all.format.fa -i Mus_musculus.GRCm38.cds.index

SUPPA2的安装，需要注意的是SUPPA2是使用python3.4编写的，所以不要使用python2来进行安装了

#使用pip安装
pip install SUPPA==2.2.1

#使用conda进行安装
conda inst