2021.11.20【读书笔记】|差异可变剪接事件及DTU分析

• 一、可变剪接(Alternative Splicing)
  • 定义：
    • 同一前体mRNA分子，可以在不同的剪接位点发生剪接反应，生成不同的mRNA分子，最终产生不同的蛋白质分子的一种RNA剪切方式。
  • 意义：
    • 1. AS是形成生物多样性的重要原因之一
    • 2. AS是基因表达调控的重要组成部分，与基因表达的时空性息息相关
    • 3. 由于可变剪接直接造成表达产物的差异，因此可变剪接在一些性状、疾病中发挥重要作用。
  • 识别：
    • 分成了7个类型

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  • 识别工具：
    • SUPPA，#目前已升级为SUPPA2
    • 1.计算时间短。小数据，数分钟可以完成计算。

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    • 2.识别可变剪接边界严格。

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    • 3.结果可进行可视化展示，也可进行后续更进一步分析。
• 二、差异可变剪接：DAS
  • 研究意义

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    • 1.着重发现在外界环境改变时，表达量发现显著变化的可变剪接事件。
    • 2.这些可变剪接事件可能是更适应（或者更不适应）新的环境条件的。
    • 3.但是当研究基因表达量整体时，这种特定结构的表达量变化可能会被掩盖。
    • PSI

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      • 计算方法
        • FPKM与TPM值计算差异
        • PSI值=split_in/(split_in+split_out)（TPM值）

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      • PSI显著检验方法（略）
      • 后续分析
        • 流程

          

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      • 筛选标准
        • |dPsi|>0.1, P-value<0.05
• 三、DAS分析实例
  • 1.DAS的应用：
    • 文献：Large-scale analysis of genome and transcriptome alterations in multiple tumors unveils novel cancer-relevant splicing networks
    • (https://genome.cshlp.org/content/26/6/732.full)
    • 期刊：Genome Research
    • 影响因子：11.351
    • 发表时间：2016年
  • 2.研究目的：研究11种癌症中，可变剪接的类型的变化情况及在RNA结合蛋白的结合域上的富集情况。
  • 3.推测：在癌症中，RBP基因（RNA蛋白结合基因）突变可能与反常的可变剪接模式相关 。
  • 4.做了如下分析：
    • ①11中癌症中，DAS的类型分布；
    • ②在cancer-drivers中，DAS与基因突变及差异表达的关系；
    • ③在RBP基因中，DAS与基因突变及表达的关系；
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  • 5.总结
    • 1.该文献发现：在研究的11种癌症类型中，DAS在多种癌症的cancer-drivers中分较为普遍；
    • 2.在cancer-drivers中，DAS的发生与突变或者表达量改变没有必然关系；
    • 3.在RBPs中，DAS在某些癌症类型中分布比例较高；
    • 4.发生在RBPs中的DAS，与表达量没有显著相关，但是与突变可能存在潜在的关系；
    • 5.一些癌症间可能存在潜在的调控DAS的共有机制。
• 四、DTU分析简介
  • 1.DTU：Different Transcript Usage
  • 2.DTU分析的意义：同一个转录本可能同时发生多种复杂的结构变化，这时，关注这个转录本整体的变化情况而非具体的某一种可变剪接。
  • 3.DAS与DTU的区别：DAS着重于分析具体某一个可变剪接事件在不同条件下的差异；而DTU不单独关注某一可变剪接事件，而是侧重于发生了可变剪接的这个转录本整体。
    • 1.主要针对结构变异类型较多、结构复杂的转录本。
    • 2.忽略基因表达量的影响，更有针对性的找到响应环境变化的转录本类型。
    • 3.三代全长转录本在检测结构变异上有较为明显的优势，对于结构复杂且响应环境变化的转录本，具有较为明显的研究优势。

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  • 总结
    • 1.SUPPA识别可变剪接类型齐全，且对结果有详细展示。
    • 2.DAS分析，是在表达层面，更深入的挖掘可变剪接可能存在的生物学意义。
    • 3.DTU与DAS研究的方法相似，主要区别在于研究的对象不同。
    • 4.DAS/DTU研究后续可增加富集、注释等内容，更深入的探讨差异事件/转录本的潜在功能。
• 以上内容来源于诺禾课程笔记梳理
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