- 一、可变剪接(Alternative Splicing)
- 定义:
- 同一前体mRNA分子,可以在不同的剪接位点发生剪接反应,生成不同的mRNA分子,最终产生不同的蛋白质分子的一种RNA剪切方式。
- 意义:
- 1. AS是形成生物多样性的重要原因之一
- 2. AS是基因表达调控的重要组成部分,与基因表达的时空性息息相关
- 3. 由于可变剪接直接造成表达产物的差异,因此可变剪接在一些性状、疾病中发挥重要作用。
- 识别:
- 分成了7个类型
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- 识别工具:
- SUPPA,#目前已升级为SUPPA2
- 1.计算时间短。小数据,数分钟可以完成计算。
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- 2.识别可变剪接边界严格。
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- 3.结果可进行可视化展示,也可进行后续更进一步分析。
- 定义:
- 二、差异可变剪接:DAS
- 研究意义
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- 1.着重发现在外界环境改变时,表达量发现显著变化的可变剪接事件。
- 2.这些可变剪接事件可能是更适应(或者更不适应)新的环境条件的。
- 3.但是当研究基因表达量整体时,这种特定结构的表达量变化可能会被掩盖。
- PSI
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- 计算方法
- FPKM与TPM值计算差异
- PSI值=split_in/(split_in+split_out)(TPM值)
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- PSI显著检验方法(略)
- 后续分析
- 流程
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- 流程
- 筛选标准
- |dPsi|>0.1, P-value<0.05
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- 研究意义
- 三、DAS分析实例
- 1.DAS的应用:
- 文献:Large-scale analysis of genome and transcriptome alterations in multiple tumors unveils novel cancer-relevant splicing networks
- (https://genome.cshlp.org/content/26/6/732.full)
- 期刊:Genome Research
- 影响因子:11.351
- 发表时间:2016年
- 2.研究目的:研究11种癌症中,可变剪接的类型的变化情况及在RNA结合蛋白的结合域上的富集情况。
- 3.推测:在癌症中,RBP基因(RNA蛋白结合基因)突变可能与反常的可变剪接模式相关 。
- 4.做了如下分析:
- ①11中癌症中,DAS的类型分布;
- ②在cancer-drivers中,DAS与基因突变及差异表达的关系;
- ③在RBP基因中,DAS与基因突变及表达的关系;
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- 5.总结
- 1.该文献发现:在研究的11种癌症类型中,DAS在多种癌症的cancer-drivers中分较为普遍;
- 2.在cancer-drivers中,DAS的发生与突变或者表达量改变没有必然关系;
- 3.在RBPs中,DAS在某些癌症类型中分布比例较高;
- 4.发生在RBPs中的DAS,与表达量没有显著相关,但是与突变可能存在潜在的关系;
- 5.一些癌症间可能存在潜在的调控DAS的共有机制。
- 1.DAS的应用:
- 四、DTU分析简介
- 1.DTU:Different Transcript Usage
- 2.DTU分析的意义:同一个转录本可能同时发生多种复杂的结构变化,这时,关注这个转录本整体的变化情况而非具体的某一种可变剪接。
- 3.DAS与DTU的区别:DAS着重于分析具体某一个可变剪接事件在不同条件下的差异;而DTU不单独关注某一可变剪接事件,而是侧重于发生了可变剪接的这个转录本整体。
- 1.主要针对结构变异类型较多、结构复杂的转录本。
- 2.忽略基因表达量的影响,更有针对性的找到响应环境变化的转录本类型。
- 3.三代全长转录本在检测结构变异上有较为明显的优势,对于结构复杂且响应环境变化的转录本,具有较为明显的研究优势。
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- 总结
- 1.SUPPA识别可变剪接类型齐全,且对结果有详细展示。
- 2.DAS分析,是在表达层面,更深入的挖掘可变剪接可能存在的生物学意义。
- 3.DTU与DAS研究的方法相似,主要区别在于研究的对象不同。
- 4.DAS/DTU研究后续可增加富集、注释等内容,更深入的探讨差异事件/转录本的潜在功能。
- 以上内容来源于诺禾课程笔记梳理
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