linux可变剪切分析,SUPPA 可变剪切分析

SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件。转录本的定量方式有很多，例如count，FPKM, TPM等，作者建议使用TPM，因为先均一化了基因的长度，然后均一化了测序的深度。同时建议使用salmon软件进行定量

软件的下载与安装

首先下载salmon二进制版本

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz

tar zxvf salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz -C ../

下面使用小鼠的转录本来建立索引

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/fasta/mus_musculus/cds/Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa.gz

gunzip Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa.gz

perl -lane 'if(/^>/){$id=(split/\./,$_)[0];print $id}else{print}' Mus_musculus.GRCm38.cds.all.fa >Mus_musculus.GRCm38.cds.all.format.fa

使用salmon建立索引

mkdir Mus_musculus.GRCm38.cds.index

export LD_LIBRARY_PATH=/media/sdb/user/yueyao/software/salmon-latest_linux_x86_64/lib:$LD_LIBRARY_PATH

/media/sdb/user/yueyao/software/salmon-latest_linux_x86_64/bin/