l 有三种从基因组角度阐明疾病机制的方法:
1. genetc linkage study:研究大量家系患者的基因组,发现致病的基因组上的变化。缺点:需要大量的家系成员,患病/非患病人员均需研究;且发现的是linkage region而不是causitive gene。
2. Candidate gene association study:发现致病基因后,研究基因上的mutation,从流行病学和对临床影响的角度。缺点:false-positive率高;需要先验假设。
3.case-control study:
这三种研究方法的发现结果在OMIM database中可查到。
l Mendelian disease
即单基因遗传病。某个基因组上的事件导致的疾病。在这类遗传性疾病中,发现致病基因,研究其pathway,再普及到sporadic disease中。
l 非Mendelian disease
即common disease。与Mendlian疾病不同,common disease不是由单个基因导致的表型,而是由多个基因导致的表型。no single genetic defect causes the disease, several genes impart risk for disease development.
- Common genetic variability
对common disease,有这样的hypothesis:对这些common disease,common genetic variability控制发病的风险。
这些common low-risk loci通过前面讲的candicate gene analysis方法来发现。这种方法是GWAS方法的基础。
GWAS就是在大样本量的case和control中发现疾病风险marker。GWAS已发现大量PD,AD的风险基因。影响GWAS marker选择的两个主要因素是:1). marker need to be common; 2). marker能够反应周围marker的变异情况,这样,只检测一小部分marker即可获知大部分的变异。
2. Rare high-risk variant
导致Mendelian disease的rare,fully penetrant的mutation;调控疾病风险的common variant。介于这两种基因变异之间的是:rare,high-risk变异。vaf:0.5-3%。这些变异对疾病进展的影响高于common variants。
发现这些rare,high-risk变异的方法有:
1)imputation:通过imputation得到的基因型不准确。前面提到的imputation的两种应用:linkage disequilibrium,推断基因型。
2)exome-sequencing: 缺点:不能捕获所有的基因;只能发现已知的东西;不能发现copy number变异。
3)whole-genome sequencing:它是发现rare,high-risk variant的最优方法。但是,它也存在一些缺陷,比如:测序read的读长短。
l 对变异的解释
1.单点的解释risk at a locus:
GWAS发现的变异很多在基因之间,很难解释这些变异的生物学意义。解决这个问题的方法是整合基因型、测序和表达的数据,从SNP之间的association中发现生物学意义。
利用脑组织不同区域的数据,而不是全脑的数据。因为不同的脑区有不同的表达模式。
eQTL:衡量基因组变异与表达量之间的关系。
sQTL:衡量基因组变异与splicing events的关系。
QTL不仅是tissue-specific,cell-specific,还是time-specific。所以,样本收集是主要问题。
2.pathway-based analysis:
背景:genetic研究的目的是为了理解疾病发生和进展的生理机制。
pathway研究的目的:找到影响pathway的关联基因。找到影响疾病的pathway,以及潜在的风险基因。
基于AD的两大GWAS数据,发现pathway:cholestero metabolism胆固醇代谢和immune response中,与疾病相关的基因过表达。
l 整体思路
Methods for gene identification
Dissecting Mendelian diseases.
Identifying common low-risk loci.
Identifying rare, high-risk variants.
Interpreting findings
Fully dissecting risk at a locus.
Pathway-based analysis.
Conclusion and outlook
参考文献:Use of next-generation sequencing and other whole-genome strategies to dissect neurological disease,2012,Nature Reviews Neuroscience