RepeatMasker使用中的问题

最新推荐文章于 2023-07-19 12:02:27 发布
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原文链接：http://www.cnblogs.com/zhengzh/p/7453878.html
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RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017，最后生成结果文件，例如.out,.masked,.tbl等

软件特性：软件运行很慢，而且很占内存（x100）。所以运行RepeatMasker时，要注意服务器的内存使用，内存超出会有can't fork错误。

建议：尽量将大文件切割成几M的小文件，合理搭配内存。做好时间预算。

转载于:https://www.cnblogs.com/zhengzh/p/7453878.html

weixin_30617561
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重复序列注释我两年前做过一次，这次用同样的软件，还是出了很多问题，折腾了快一个月，现在的结果才算说的过去，这里总结一下这一阶段遇到的问题。Repeatmasker不同的重复序列数据库对重复序列注释的结果有很大的影响。repbase是收费的，但是会注释出相对更全的重复序列。CONS-Dfam_3.0数据库：RepeatMasker version open-4.0.9 Search Engine: ...
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RepeatMasker是一个用于识别和屏蔽重复序列的软件工具。以下是使用RepeatMasker的一般步骤： 1. 准备数据：准备需要屏蔽的序列，可以是单个序列文件或多个序列文件的集合，比如FASTA格式的DNA序列文件。 2. 下载RepeatMasker：从RepeatMasker官方网站或其他可靠的软件源下载RepeatMasker。 3. 安装RepeatMasker：按照官方文档中提供的指导安装RepeatMasker。 4. 下载RepeatMasker库：RepeatMasker需要一个序列重复库，用于识别和屏蔽序列中的重复区域。可以从RepeatMasker官方网站或其他可靠的数据库下载RepeatMasker库。 5. 运行RepeatMasker：使用命令行界面输入RepeatMasker的命令和参数，运行RepeatMasker进行序列重复检测和屏蔽。 例如，以下是运行RepeatMasker的示例命令： ``` RepeatMasker -species human -dir output_folder input_sequence.fa ``` 其中，`-species`参数指定使用的序列重复库，`-dir`参数指定输出目录，`input_sequence.fa`为输入的FASTA格式序列文件。 运行完成后，RepeatMasker会生成一个屏蔽后的序列文件和一个结果文件，其中包含序列的注释信息和重复序列的统计信息。 注意：RepeatMasker的使用可能会涉及到一些参数的调整，具体参数设置可以参考官方文档或其他相关文献。
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