RepeatMasker 分析人类基因组上的重复序列

1、下载人类基因组序列,注意要是基因组数据,由于整体过大,这里下载了染色体16的数据

从ensembl上下载

Ensembl genome browser 107

Index of /pub/release-107/fasta/homo_sapiens/dna

选择了Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa.gz

文件大小大概在23M

2、在linux上安装RepeatMasker

参考

RepeatMasker(一)——安装及使用_柚子味的羊的博客-CSDN博客_repeatmasker安装

RepeatModeler的安装(包含RepeatMasker安装)_nnnnnnny-的博客-CSDN博客_repeatmodeler安装

3、输入参数

RepeatMasker -pa 6 -nolow -species human -poly -html -gff -a -dir repeat_result_human Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa

一共运行了大概2h才得到结果

4、得到结果

可以看一下统计结果

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以下是一个基于Linux系统的脚本示例,用于使用RepeatMasker软件对鸭基因组进行重复序列检测并筛选出基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列: ```bash #!/bin/bash # 设置RepeatMasker路径和其他参数 repeatmasker_path="/path/to/RepeatMasker" genome_file="/path/to/duck_genome.fasta" output_dir="/path/to/output_directory" # 创建输出目录 mkdir -p "$output_dir" # 运行RepeatMasker进行重复序列检测 $repeatmasker_path -species aves -dir "$output_dir" "$genome_file" # 过滤RepeatMasker结果,保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列 awk -v min_length=2 -v max_length=6 '/^>/ {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq; seq=""; header=$0} !/^>/ {seq=seq $0} END {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq}' "$output_dir/$genome_file".out > "$output_dir/filtered_repeats.fa" # 删除生成的中间文件 rm "$output_dir/$genome_file".out ``` 请注意,上述脚本示例假设你已经正确安装了RepeatMasker软件,并将其路径设置为`repeatmasker_path`变量。还需要将`genome_file`变量设置为鸭基因组文件的路径,将`output_dir`变量设置为你想要的输出目录路径。 脚本将运行RepeatMasker对鸭基因组进行重复序列检测,并将结果保存在指定的输出目录中。然后,它会使用awk命令过滤结果,只保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列,并将结果保存在`filtered_repeats.fa`文件中。 请根据实际情况修改脚本中的路径和参数,并确保RepeatMasker软件正确安装并在系统路径中可用。
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