RepeatMasker 分析人类基因组上的重复序列

已于 2022-09-23 23:03:24 修改
阅读量737 收藏
点赞数
文章标签： linux
于 2022-09-23 22:38:14 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46336667/article/details/127011001
版权

1、下载人类基因组序列，注意要是基因组数据，由于整体过大，这里下载了染色体16的数据

从ensembl上下载

Ensembl genome browser 107

Index of /pub/release-107/fasta/homo_sapiens/dna

选择了Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa.gz

文件大小大概在23M

2、在linux上安装RepeatMasker

参考

RepeatMasker（一）——安装及使用_柚子味的羊的博客-CSDN博客_repeatmasker安装

RepeatModeler的安装（包含RepeatMasker安装）_nnnnnnny-的博客-CSDN博客_repeatmodeler安装

3、输入参数

RepeatMasker -pa 6 -nolow -species human -poly -html -gff -a -dir repeat_result_human Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa

一共运行了大概2h才得到结果

4、得到结果

可以看一下统计结果

猛码先生
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
如何对基因组序列进行注释
weixin_33770878的博客
09-06 7851
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction...
注释怎么看_基因组重复序列注释repeatmask&repeatmodeler
weixin_39603357的博客
01-11 1931
重复序列注释我两年前做过一次，这次用同样的软件，还是出了很多问题，折腾了快一个月，现在的结果才算说的过去，这里总结一下这一阶段遇到的问题。Repeatmasker不同的重复序列数据库对重复序列注释的结果有很大的影响。repbase是收费的，但是会注释出相对更全的重复序列。CONS-Dfam_3.0数据库：RepeatMasker version open-4.0.9 Search Engine: ...
基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-18 6582
写在前面这个软件是干什么用的，估计只要研究基因组，一定会用到它。任何基因组都有基因，基因比较有规律。而重复序列会不像基因结构那样好预测，就需要这个软件进行同源注释。无论你是想研究重复序列...
逆转录转座子初窥
dengleize6745的博客
10-31 3926
转座子、重复序列一直是我搞不懂的一块。今天梳理了一下这方面的知识，写了一篇笔记。 #参考文献缺失！！！下次一定要记录参考文献！！！# 转座子transposon 一类DNA序列，它们能够在基因组中转录或逆转录，在内切酶的作用下，在其他基因座上出现。I型转座子即反转录转座子，该型转座子会先被转录为RNA，然后利用逆转录酶将该RNA逆转录为cDNA，然后才被插入到目标位点中。“复制...
「基因组注释」构建重复序列数据库
xuzhougeng blog
02-28 3418
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和LTR，先根据其结构特征进行注释，之后根据同源信息进行注释，最后进行整合。 主要用到如下软件: MITE-Hunter genometools LTR_Finder LTR_retriever NCBI-BLAST RepeatMaske...
repeatR:读取并分析RepeatMasker输出
03-31
重复R 读取并分析R中的RepeatMasker输出。 在开发中很早！ 安装 library( devtools ) install_github( " dwinter/repeatR " ) 基本用法 该软件包带有一个小的示例数据集，包括来自一个脚手架的重复序列。 我们可以使用read_rm在内存中读取该文件 library( repeatR ) # > Loading required package: dplyr # > # > Attaching package: 'dplyr' # > The following objects are masked from 'package:stats': # > # > filter, lag # > The following objects are masked from 'package:base': # > # >
基因组注释1. 重复序列repeatmasker, trf
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-18 1万+
本文转自“美格基因”,已获授权基因组注释（Genome annotation）是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构进行高通量注释。基因组注释主要包括：基因组组成成分分析...
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-12 2万+
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次，
RepeatMasker基因组重复序列检测工具安装及使用
weixin_56827666的博客
06-23 2852
一. RepeatMasker简介:基因组组装完成后，进行基因预测和注释。由于基因组中存在重复序列结构区，特别是高等真核生物，重复序列占了相当大的比例，会影响基因预测的质量，也会带来不必要的资源消耗，因此在基因预测前，首先要检测并屏蔽基因组中的重复序列。不过，也有一些人在注释基因组重复序列结构时，也可能是专注于某些特定研究，例如，某些重复元件可能参与了重要功能，我们期望定位它们的位置，这种情况下需要识别精准。那么，这时候就得使用检测重复序列的工具了，先来学习RepeatMasker。RepeatMasker
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释-附件资源
03-02
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释-附件资源
TransposableElements:代码分析RepeatMasker输出
05-14
从RepeatMasker获取美丽的风景图
如何查找一个基因的启动子序列.pdf
10-03
4. Acembly Gene Predictions With Alt-splicing 路径是利用 Acembly 程序将人类 mRNA 和 EST 序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。 5. Ensembl Gene Predictions 路径由 Ensembl 提供。Ensembl 基因通过...
基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用.pdf
09-06
本文主要探讨了如何在Linux操作系统上构建一个专门用于林木Expressed Sequence Tags (EST)序列分析的系统，并介绍了该系统在林木功能基因组学研究中的应用。EST是通过部分cDNA测序获取的短片段序列，通常用于识别和...
RepeatMasker使用
dengleize6745的博客
11-23 2136
RM是library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。使用数据库Dfam和Repbase。 The Dfam database is a collection ofRepetitive DNA elementsequence alignments,hidden Markov models (HMMs)an...
RepeatMasker（一）——安装及使用
羊羊的博客
04-25 1万+
RepeatMasker安装及使用 文章目录RepeatMasker安装及使用一、安装1. RMBlast序列搜索引擎2.TRF搜索串联重复序列3. repeatmasker下载4. Repbase数据库5. 配置repeatmasker依赖关系二、使用1.参数说明2.输入3. 使用RepeatMasker三、结果1. masked文件2. out文件3. out.gff文件（和.out文件完全一样）4. out.html文件（和.out文件一样，只是在html，显示方式不同罢了）5. polyout文件—
RepeatMasker的安装与使用（一）
HLmk12345的博客
05-19 2301
文章目录 文章目录文章目录一、前言二、软件安装1.RMBlast序列搜索引擎2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列3.RepeatMasker程序4.Repbase数据库5.配置RepeatMasker依赖关系 一、前言 RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。 本文安装参考一：RepeatMasker（一）——安装及使用 本文安装参考二：Repeat
RepeatMasker使用中的问题
weixin_30617561的博客
08-30 684
RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017，最后生成结果文件，例如.out,.masked,.tbl等 软件特性：软件运行很慢，而且很占内存（x100）。所以运行RepeatMasker时，要注意服务器的内存使用，内存超出会有can't fork错误。 建议：尽量将大文件切割成几M的小文件，合理搭配内存。做好时间预算。 转...
使用RepeatModeler和RepeatMasker注释基因组重复序列
xuzhougeng blog
09-18 4911
重复序列注释有两种常用策略，基于同源序列相似性和基于重复序列结构特征。RepeatMasker是基于同源序列相似性注释序列的常用工具, RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 这篇教程介绍如何使用RepeatModeler从头鉴定基因组的重复序列，之后用RepeatMasker根据自...
Windows 下的sqlserver数据拷贝到linux
最新发布
cyw8998的专栏
07-25 279
2.在 >1 提示符下，输入以下 RESTORE DATABASE 命令，并在每行后按 Enter（无法同时复制和粘贴整个多行命令）。将出现的所有 gpdb 替换为数据库的名称。1.启动 sqlcmd。下面的示例以 SA 用户身份连接到本地 SQL Server。出现提示时输入密码，或使用 -P 参数指定密码。SSH打开linux终端。
写出脚本基于LINUX系统使用RepeatMasker软件对鸭基因组重复序列检测，只保留基序长度在 2 到 6 个碱基对之间的重复，删除其余重复或转座元素序列。
07-14
以下是一个基于Linux系统的脚本示例，用于使用RepeatMasker软件对鸭基因组进行重复序列检测并筛选出基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列： ```bash #!/bin/bash # 设置RepeatMasker路径和其他参数 repeatmasker_path="/path/to/RepeatMasker" genome_file="/path/to/duck_genome.fasta" output_dir="/path/to/output_directory" # 创建输出目录 mkdir -p "$output_dir" # 运行RepeatMasker进行重复序列检测 $repeatmasker_path -species aves -dir "$output_dir" "$genome_file" # 过滤RepeatMasker结果，保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列 awk -v min_length=2 -v max_length=6 '/^>/ {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq; seq=""; header=$0} !/^>/ {seq=seq $0} END {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq}' "$output_dir/$genome_file".out > "$output_dir/filtered_repeats.fa" # 删除生成的中间文件 rm "$output_dir/$genome_file".out ``` 请注意，上述脚本示例假设你已经正确安装了RepeatMasker软件，并将其路径设置为`repeatmasker_path`变量。还需要将`genome_file`变量设置为鸭基因组文件的路径，将`output_dir`变量设置为你想要的输出目录路径。 脚本将运行RepeatMasker对鸭基因组进行重复序列检测，并将结果保存在指定的输出目录中。然后，它会使用awk命令过滤结果，只保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列，并将结果保存在`filtered_repeats.fa`文件中。 请根据实际情况修改脚本中的路径和参数，并确保RepeatMasker软件正确安装并在系统路径中可用。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值