RepeatMasker 分析人类基因组上的重复序列

已于 2022-09-23 23:03:24 修改
阅读量737 收藏
点赞数
文章标签： linux
于 2022-09-23 22:38:14 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46336667/article/details/127011001
版权

1、下载人类基因组序列，注意要是基因组数据，由于整体过大，这里下载了染色体16的数据

从ensembl上下载

Ensembl genome browser 107

Index of /pub/release-107/fasta/homo_sapiens/dna

选择了Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa.gz

文件大小大概在23M

2、在linux上安装RepeatMasker

参考

RepeatMasker（一）——安装及使用_柚子味的羊的博客-CSDN博客_repeatmasker安装

RepeatModeler的安装（包含RepeatMasker安装）_nnnnnnny-的博客-CSDN博客_repeatmodeler安装

3、输入参数

RepeatMasker -pa 6 -nolow -species human -poly -html -gff -a -dir repeat_result_human Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.16.fa

一共运行了大概2h才得到结果

4、得到结果

可以看一下统计结果

猛码先生
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
如何对基因组序列进行注释
weixin_33770878的博客
09-06 7850
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction...
注释怎么看_基因组重复序列注释repeatmask&repeatmodeler
weixin_39603357的博客
01-11 1931
重复序列注释我两年前做过一次，这次用同样的软件，还是出了很多问题，折腾了快一个月，现在的结果才算说的过去，这里总结一下这一阶段遇到的问题。Repeatmasker不同的重复序列数据库对重复序列注释的结果有很大的影响。repbase是收费的，但是会注释出相对更全的重复序列。CONS-Dfam_3.0数据库：RepeatMasker version open-4.0.9 Search Engine: ...
基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-18 6582
写在前面这个软件是干什么用的，估计只要研究基因组，一定会用到它。任何基因组都有基因，基因比较有规律。而重复序列会不像基因结构那样好预测，就需要这个软件进行同源注释。无论你是想研究重复序列...
逆转录转座子初窥
dengleize6745的博客
10-31 3925
转座子、重复序列一直是我搞不懂的一块。今天梳理了一下这方面的知识，写了一篇笔记。 #参考文献缺失！！！下次一定要记录参考文献！！！# 转座子transposon 一类DNA序列，它们能够在基因组中转录或逆转录，在内切酶的作用下，在其他基因座上出现。I型转座子即反转录转座子，该型转座子会先被转录为RNA，然后利用逆转录酶将该RNA逆转录为cDNA，然后才被插入到目标位点中。“复制...
「基因组注释」构建重复序列数据库
xuzhougeng blog
02-28 3418
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和LTR，先根据其结构特征进行注释，之后根据同源信息进行注释，最后进行整合。 主要用到如下软件: MITE-Hunter genometools LTR_Finder LTR_retriever NCBI-BLAST RepeatMaske...
repeatR:读取并分析RepeatMasker输出
03-31
重复R 读取并分析R中的RepeatMasker输出。 在开发中很早！ 安装 library( devtools ) install_github( " dwinter/repeatR " ) 基本用法 该软件包带有一个小的示例数据集，包括来自一个脚手架的重复序列。 我们可以使用read_rm在内存中读取该文件 library( repeatR ) # > Loading required package: dplyr # > # > Attaching package: 'dplyr' # > The following objects are masked from 'package:stats': # > # > filter, lag # > The following objects are masked from 'package:base': # > # >
RepeatMasker（一）——安装及使用
羊羊的博客
04-25 1万+
RepeatMasker安装及使用 文章目录RepeatMasker安装及使用一、安装1. RMBlast序列搜索引擎2.TRF搜索串联重复序列3. repeatmasker下载4. Repbase数据库5. 配置repeatmasker依赖关系二、使用1.参数说明2.输入3. 使用RepeatMasker三、结果1. masked文件2. out文件3. out.gff文件（和.out文件完全一样）4. out.html文件（和.out文件一样，只是在html，显示方式不同罢了）5. polyout文件—
RepeatMasker的安装与使用（一）
HLmk12345的博客
05-19 2301
文章目录 文章目录文章目录一、前言二、软件安装1.RMBlast序列搜索引擎2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列3.RepeatMasker程序4.Repbase数据库5.配置RepeatMasker依赖关系 一、前言 RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。 本文安装参考一：RepeatMasker（一）——安装及使用 本文安装参考二：Repeat
基因组注释1. 重复序列repeatmasker, trf
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-18 1万+
本文转自“美格基因”,已获授权基因组注释（Genome annotation）是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因和其他结构进行高通量注释。基因组注释主要包括：基因组组成成分分析...
RepeatMasker基因组重复序列检测工具安装及使用
weixin_56827666的博客
06-23 2852
一. RepeatMasker简介:基因组组装完成后，进行基因预测和注释。由于基因组中存在重复序列结构区，特别是高等真核生物，重复序列占了相当大的比例，会影响基因预测的质量，也会带来不必要的资源消耗，因此在基因预测前，首先要检测并屏蔽基因组中的重复序列。不过，也有一些人在注释基因组重复序列结构时，也可能是专注于某些特定研究，例如，某些重复元件可能参与了重要功能，我们期望定位它们的位置，这种情况下需要识别精准。那么，这时候就得使用检测重复序列的工具了，先来学习RepeatMasker。RepeatMasker
TransposableElements:代码分析RepeatMasker输出
05-14
从RepeatMasker获取美丽的风景图
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释-附件资源
03-05
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释-附件资源
如何查找一个基因的启动子序列.pdf
最新发布
10-03
4. Acembly Gene Predictions With Alt-splicing 路径是利用 Acembly 程序将人类 mRNA 和 EST 序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。 5. Ensembl Gene Predictions 路径由 Ensembl 提供。Ensembl 基因通过...
基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用.pdf
09-06
本文主要探讨了如何在Linux操作系统上构建一个专门用于林木Expressed Sequence Tags (EST)序列分析的系统，并介绍了该系统在林木功能基因组学研究中的应用。EST是通过部分cDNA测序获取的短片段序列，通常用于识别和...
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-12 2万+
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次，
（5）基因组基本特征分析
weixin_44562189的博客
06-05 191
第三行代码使用硬遮蔽N（hardmaskN）类型，将Umbilicaria_deusta.fasta文件根据repeat注释的genome.repeat.gff3文件进行遮蔽，并生成一个名为 genome.hardmaskN.fasta 的遮蔽后的基因组Fasta文件。然后打开该网址，输入邮箱，选择Upload选项，然后提交该XX.gbf文件，然后默认选项，点击submit提交，等待结果。#根据重复注释的GFF3文件对基因组Fasta文件进行遮蔽，生成三个遮蔽后的基因组Fasta文件。
使用RepeatModeler和RepeatMasker注释基因组重复序列
xuzhougeng blog
09-18 4911
重复序列注释有两种常用策略，基于同源序列相似性和基于重复序列结构特征。RepeatMasker是基于同源序列相似性注释序列的常用工具, RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 这篇教程介绍如何使用RepeatModeler从头鉴定基因组的重复序列，之后用RepeatMasker根据自...
基因组重复序列检测：RepeatMasker
GeekFocus
05-28 2520
转载 RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。 基因组组装完成后，进行基因预测和注释。由于基因组中存在重复序列结构区，特别是高等真核生物，重复序列占了相当大的比例，会影响基因预测的质量，也会带来不必要的资源消耗。因此在基因预测前，首先要检测并屏蔽基因组中的重复序列。对于这种情况，只是为了屏蔽重复序列降低后续基因预测的压力，重复序列的检测可不必纠结。 当注释基因组重复序列结构，也可能是专注于某些特定研究，例
写出脚本基于LINUX系统使用RepeatMasker软件对鸭基因组重复序列检测，只保留基序长度在 2 到 6 个碱基对之间的重复，删除其余重复或转座元素序列。
07-14
以下是一个基于Linux系统的脚本示例，用于使用RepeatMasker软件对鸭基因组进行重复序列检测并筛选出基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列： ```bash #!/bin/bash # 设置RepeatMasker路径和其他参数 repeatmasker_path="/path/to/RepeatMasker" genome_file="/path/to/duck_genome.fasta" output_dir="/path/to/output_directory" # 创建输出目录 mkdir -p "$output_dir" # 运行RepeatMasker进行重复序列检测 $repeatmasker_path -species aves -dir "$output_dir" "$genome_file" # 过滤RepeatMasker结果，保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列 awk -v min_length=2 -v max_length=6 '/^>/ {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq; seq=""; header=$0} !/^>/ {seq=seq $0} END {if (length(seq) >= min_length && length(seq) <= max_length) print header "\n" seq}' "$output_dir/$genome_file".out > "$output_dir/filtered_repeats.fa" # 删除生成的中间文件 rm "$output_dir/$genome_file".out ``` 请注意，上述脚本示例假设你已经正确安装了RepeatMasker软件，并将其路径设置为`repeatmasker_path`变量。还需要将`genome_file`变量设置为鸭基因组文件的路径，将`output_dir`变量设置为你想要的输出目录路径。 脚本将运行RepeatMasker对鸭基因组进行重复序列检测，并将结果保存在指定的输出目录中。然后，它会使用awk命令过滤结果，只保留基序长度在2到6个碱基对之间的重复序列，并将结果保存在`filtered_repeats.fa`文件中。 请根据实际情况修改脚本中的路径和参数，并确保RepeatMasker软件正确安装并在系统路径中可用。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值