注释怎么看_基因组重复序列注释repeatmask&repeatmodeler

最新推荐文章于 2023-10-18 21:12:41 发布
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重复序列注释我两年前做过一次，这次用同样的软件，还是出了很多问题，折腾了快一个月，现在的结果才算说的过去，这里总结一下这一阶段遇到的问题。

Repeatmasker

不同的重复序列数据库对重复序列注释的结果有很大的影响。repbase是收费的，但是会注释出相对更全的重复序列。

CONS-Dfam_3.0数据库：

RepeatMasker version open-4.0.9
Search Engine: NCBI/RMBLAST [ 2.9.0+ ]
Master RepeatMasker Database: Libraries/RepeatMaskerLib.embl ( Complete Database: CONS-Dfam_3.0 )

只注释出4.5%的重复序列：

sequences:          7920
total length: 1542690326 bp  (1542658026 bp excl N/X-runs)
GC level:         38.48 %
bases masked:   69381223 bp ( 4.50 %)

dc20170127-rb20170127数据库:

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weixin_39603357
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