python 进化树_科学网-应用Raxml软件构建最大似然法系统进化树-王翠的博文

各种组学数据红的热火朝天，学点生物信息傍傍身已经成了当代生物学老少的必经之路。虽然信息时代的软件层出不穷，大部分软件还没能达到兼容各种格式的程度，并且运行过程中定然会有不少坑，做个小分析简直如同去西天取经，时间都花在打怪上了。

所以，为了防患于未然，我们必须要在开始跑程序的第一天就把全网搜个遍，不然半个月以后发现有个小指令忘了加，只能自己偷着哭了。今天就扒一扒raxml这个最简单的建系统进化树的软件，其中自然也少不了步步为营。

我用的是radseq序列，经过stacks前期处理后获得vcf文件。要想得到一棵自带bootstrap值的树不太容易，废话不多说，上干货。

1，raxml要求输入文件未phylip格式，所以第一步要将vcf转换成phylip文件格式。这一步可以通过python脚本vcf2phylip来完成。https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip

运行结束后会产生一个名为input.min4.phy的文件。

命令行：python vcf2phylip.py -i input.vcf -o OG

2.跑raxml，应用快速bootstrap分析找出得分最高的树，关键 -f a

raxmlHPC-PTHREADS-AVX -f a -s populations.snps.sorted.min4.phy -x 12345 -N 100 -m GTRCAT -n Phylo_ml -T 28 -p 5694

得到的RAxML_bipartions.[run_name]就是带有bootstrap值的最大似然树了。

3.如果不小心跑错了，用了-f b，也有补救的办法，就看这个答案吧https://www.biostars.org/p/73678/

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