Blast+比对软件

转录组注释离不开Blast+，需要比对到NCBI nt nr等数据库。

1. 软件下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/     如：ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz，解压后可用。

2. 使用

 (1) 建立数据库索引

        NCBI的nt和nr有直接使用的数据库，不需要再做处理，当然也可以下载fasta格式数据库再做makeblastdb。

 $ makeblastdb -in input.fasta -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

   -dbtype    nucl为核酸，prot为蛋白

   -title 给数据库起个名

   -parse_seqids 推荐加上

   -out 后接数据库名，以后blast+搜索时要用到的-db的参数

   -logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

 (2) 作比对

  核酸序列比对核酸数据库：

          $ blastn -query xx.fasta -db yyy -out zzz -evalue 1e-5 -max_target_seqs 10 -outfmt 6 -num_threads 12

                不同物种之间e-5，同物种间e-10，线程数最多12，输出格式6为列表式，可以自己设置如：

                                   -outfmt '6 qseqid qlen sseqid sgi slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxid ssciname'

  核酸序列比对蛋白质数据库：

        $ blastx -query -out -db -outfmt 6 -evalue 1e-5 -max_target_seqs 10 -num_threads 48

             不同物种之间e-5，同物种间e-10，线程数最多12，输出格式6为列表式，可以自己设置如：

                                   -outfmt '6 qseqid qlen sseqid sgi slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxid ssciname'

                                                                                                                                                                                                                                                         BLASTn tabular output format 6
                                                                      qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

1.	qseqid	query (e.g., gene) sequence id
2.	sseqid	subject (e.g., reference geome) sequence id
3.	pident	percentage of identical matches
4.	length	alignment length
5.	mismatch	number of mismatches
6.	gapopen	number of gap openings
7.	qstart	start of alignment in query
8.	qend	end of alignment in query
9.	sstart	start of alignment in subject
10.	send	end of alignment in subject
11.	evalue	expect value
12.	bitscore	bit score

 

3. 数据库下载地址

         https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/使用Aspera下载速度非常快。

   Nt/Nr数据库：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/（直接使用）    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/（需建索引） 

   KOG/COG 数据库：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG/KOG/

   Swiss-Prot/TrEMBL/UniRef90数据库：http://www.uniprot.org/downloads

转载于:https://www.cnblogs.com/shawn2018/p/8393253.html