BLAST（基本局部比对工具）

最新推荐文章于 2024-05-12 23:12:14 发布
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分类专栏： 生信分析 文章标签： BLAST 局部比对
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本文链接：https://blog.csdn.net/W_LAILAI/article/details/87776680
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这篇博客详细介绍了如何运用BLAST工具对GenBank中的人类VANGL2基因mRNA序列进行局部比对搜索，包括设置如RefSeq检索号、任务名称、核酸数据库、选择简单的blastn程序及期望值等参数。
摘要由CSDN通过智能技术生成
nucletide blast blastn 短序列标准搜索
megablast 相似序列（单物种）之间比对
discontiguous megablast 跨物种序列比对
protein blast blasp 标准搜索
psi-blast 使用blastp搜索结果构建位置特异性得分矩阵（PSSM）
phi-blast 发现具有相同表达模型且相似的蛋白质序列
blastx 核酸序列转换成蛋白质序列搜索
tblastn 蛋白质序列转换成核酸序列搜索
tblastx 核酸序列转换成蛋白质序列，在将核酸数据库转换成的蛋白质数据库中搜索

对GenBank中人类VANGL2基因的mRNA进行比对搜索。

输入：
RefSeq检索号NM_020335
Job Title：任务名称
Database：核酸数据库检索
Optimize for：程序选择，简单的blastn即可
Expect threshold：期望值，越小越严格

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Janton Wang
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