这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑。
LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。
1 下载、安装ldsc
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
2 安装ldsc依赖的环境
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc
3 测试是否安装成功
如果安装成功,输入./ldsc.py -h
代码会出现如下图: