LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)...

最新推荐文章于 2023-08-18 21:13:09 发布
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本文介绍了如何利用LD SCore进行基因多效性、遗传度和遗传相关性的计算，包括下载安装ldsc、准备summary文件、转换文件格式、计算LD、回归截距和遗传度、以及遗传相关性分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

这篇文章是对之前啊啊救救我，为何我的QQ图那么飘（全基因组关联分析）这篇文章的一个补坑。

LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外，还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性。

1 下载、安装ldsc

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git

cd ldsc

2 安装ldsc依赖的环境

conda env create --file environment.yml

source activate ldsc

3 测试是否安装成功

如果安装成功，输入./ldsc.py -h代码会出现如下图：
 
ellmcV.png

输入

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weixin_30711917
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