GWAS: 阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" 。很中规中矩的一篇文章，没有什么大的亮点的。写它的主要原因整篇文献思路很流畅，次要原因是我懒，不愿意看费脑子的文章。

 

以下，进入主题：

 

 

背景

• 阿尔茨海默病（AD）是一种进行性和破坏性的神经退行性疾病，其主要表现在于记忆，认知功能，语言和行为的损害。2016年，估计全球超过4400万人受到影响，到2050年，患病率几乎将增加三倍。

• 之前的研究发现，代谢综合征，包括腹部肥胖，高血压，低HDL，高血糖和高甘油三酯血症等临床症状与认知衰退和结构性脑变化如皮质变薄相关；

• 一个可能的假设来解释代谢与AD之间的联系是这两者具有常见的遗传病因。

• 代谢性状和阿尔茨海默病可能具有相似的临床或流行病学风险因子，并且这些风险因子可以源自相同的遗传变异。具体而言，文章最初的假设是AD与葡萄糖相关性状相关，以T2D，空腹血糖和空腹胰岛素为代表。这也是本文研究代谢特征与阿尔兹海默病遗传关系的原因。

 

方法

• • 研究设计、数据总结和质量控制

 

• • 使用LiftOver工具将含有NCBI36 / hg18参考基因组的GWAS汇总数据转换为GRCh37 / hg19；

  • 过滤掉具有次要等位基因频率（MAF）<1％的变异

• 连锁不平衡得分回归分析

  • 通过LD得分回归（LDSC）进行了全基因组遗传相关分析

• 分区遗传相关性分析