linux考核内容,生信人的linux考试20题

最新推荐文章于 2023-12-27 14:35:58 发布
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一、 在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

1

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ tree

.

└── 1

└── 2

└── 3

└── 4

└── 5

└── 6

└── 7

└── 8

└── 9

9 directories, 0 files

二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

三、在文本文件 me.txt 里面输入内容:

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cd ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/1/2/3/4/5/6/7/8/9$ touch me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/1/2/3/4/5/6/7/8/9$ ls

me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/1/2/3/4/5/6/7/8/9$ vim me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/1/2/3/4/5/6/7/8/9$ cat me.txt

Go to: http://www.biotrainee.com/

I love bioinfomatics.

And you ?

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat > me.txt

Go to: http://www.biotrainee.com/

I love bioinfomatics.

And you ?

^C

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat me.txt

Go to: http://www.biotrainee.com/

I love bioinfomatics.

And you ?

四、删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ cd test/

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

1

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ rm -r 1/

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ tree

.

0 directories, 0 files

五、在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹，效果如下：

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ mkdir -p folder{1..5}/folder{1..5}

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls *

folder1:

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5

folder2:

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5

folder3:

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5

folder4:

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5

folder5:

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5

六、在第五题创建的每一个文件夹下面都 创建第二题文本文件 me.txt ，内容也要一样。

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ echo folder{1..5}/folder{1..5}|xargs -n 1 cp me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ tree

.

|-- folder1

| |-- folder1

| | `-- me.txt

| |-- folder2

| | `-- me.txt

| |-- folder3

| | `-- me.txt

| |-- folder4

| | `-- me.txt

| `-- folder5

| `-- me.txt

|-- folder2

| |-- folder1

| | `-- me.txt

| |-- folder2

| | `-- me.txt

| |-- folder3

| | `-- me.txt

| |-- folder4

| | `-- me.txt

| `-- folder5

| `-- me.txt

|-- folder3

| |-- folder1

| | `-- me.txt

| |-- folder2

| | `-- me.txt

| |-- folder3

| | `-- me.txt

| |-- folder4

| | `-- me.txt

| `-- folder5

| `-- me.txt

|-- folder4

| |-- folder1

| | `-- me.txt

| |-- folder2

| | `-- me.txt

| |-- folder3

| | `-- me.txt

| |-- folder4

| | `-- me.txt

| `-- folder5

| `-- me.txt

|-- folder5

| |-- folder1

| | `-- me.txt

| |-- folder2

| | `-- me.txt

| |-- folder3

| | `-- me.txt

| |-- folder4

| | `-- me.txt

| `-- folder5

| `-- me.txt

`-- me.txt

30 directories, 26 files

xargs的用法xargs命令

七，再次删除掉前面几个步骤建立的文件夹及文件

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

folder1 folder2 folder3 folder4 folder5 me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ rm -rf folder*

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ rm me.txt

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed

--2018-12-11 20:14:50-- http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed

Resolving www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)... 123.206.72.184

Connecting to www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)|123.206.72.184|:80... connected.

HTTP request sent, awaiting response... 200 OK

Length: 3099 (3.0K)

Saving to: ‘test.bed’

test.bed 100%[=========================>] 3.03K --.-KB/s in 0s

2018-12-11 20:14:50 (480 MB/s) - ‘test.bed’ saved [3099/3099]

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

test.bed

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat test.bed | grep -n H3K4me3

8:chr1 9810 10438 ID=SRX387603;Name=H3K4me3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280527:%20HMLE%20Twist3D%20H3K4me3%20rep2%3B%20Homo%20sapiens%3B%20ChIP-Seq;Cell%20group=Breast;
source_name=HMLE_Twist3D_H3K4me3;cell%20type=human%20mammary%20epithelial%20cells;transfected%20with=Twist1;culture%20type=sphere;chip%20antibody=H3K4me3;chip%20antibody%20vendor=Millipore; 222 . 9810 10438 0,226,255

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat test.bed |wc

10 88 3099

# 下载

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip

--2018-12-11 21:02:42-- http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip

Resolving www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)... 123.206.72.184

Connecting to www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)|123.206.72.184|:80... connected.

HTTP request sent, awaiting response... 200 OK

Length: 104931 (102K) [application/zip]

Saving to: ‘rmDuplicate.zip’

rmDuplicate.zip 100%[=========================>] 102.47K 523KB/s in 0.2s

2018-12-11 21:02:43 (523 KB/s) - ‘rmDuplicate.zip’ saved [104931/104931]

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ ls

rmDuplicate.zip test.bed

# 解压

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ unzip rmDuplicate.zip

Archive: rmDuplicate.zip

creating: rmDuplicate/

creating: rmDuplicate/picard/

creating: rmDuplicate/picard/paired/

inflating: rmDuplicate/picard/paired/readme.txt

···

inflating: rmDuplicate/samtools/single/tmp.sorted.vcf.gz

# 查看文件结构

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cd rmDuplicate/

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/rmDuplicate$ tree

.

├── picard

│ ├── paired

│ │ ├── readme.txt

│ │ ├── tmp.header

│ │ ├── tmp.MarkDuplicates.log

│ │ ├── tmp.metrics

│ │ ├── tmp.rmdup.bai

│ │ ├── tmp.rmdup.bam

│ │ ├── tmp.sam

│ │ └── tmp.sorted.bam

│ └── single

│ ├── readme.txt

│ ├── tmp.header

│ ├── tmp.MarkDuplicates.log

│ ├── tmp.metrics

│ ├── tmp.rmdup.bai

│ ├── tmp.rmdup.bam

│ ├── tmp.sam

│ └── tmp.sorted.bam

└── samtools

├── paired

│ ├── readme.txt

│ ├── tmp.header

│ ├── tmp.rmdup.bam

│ ├── tmp.rmdup.vcf.gz

│ ├── tmp.sam

│ ├── tmp.sorted.bam

│ └── tmp.sorted.vcf.gz

└── single

├── readme.txt

├── tmp.header

├── tmp.rmdup.bam

├── tmp.rmdup.vcf.gz

├── tmp.sam

├── tmp.sorted.bam

└── tmp.sorted.vcf.gz

6 directories, 30 files

十、打开第九题解压的文件，进入 rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam 的文件，搞清楚 生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么

十一、安装 samtools 软件

vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ source ~/miniconda3/bin/activate

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ conda install samtools=1.8 y

# 检查一下能否运行

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/src$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)

Version: 1.7 (using htslib 1.7)

Usage: samtools [options]

conda的安装及使用：Conda的安装

十二、打开后缀为BAM 的文件，找到产生该文件的命令。 提示一下命令是：

十三题、根据上面的命令，找到我使用的参考基因组 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 具体有多少条染色体

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ samtools view -H ~/test/rmDuplicate/samtools/single/tmp.sorted.bam |awk '{print $2}'|cut -c4-9|sort -n|uniq -c|grep -v '_'

1 bowtie

1 chr1

1 chr10

1 chr11

1 chr12

1 chr13

1 chr14

1 chr15

1 chr16

1 chr17

1 chr18

1 chr19

1 chr2

1 chr20

1 chr21

1 chr22

1 chr3

1 chr4

1 chr5

1 chr6

1 chr7

1 chr8

1 chr9

1 chrM

1 chrX

1 chrY

1 1.0

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ samtools view -H ~/test/rmDuplicate/samtools/single/tmp.sorted.bam |awk '{print $2}'|cut -c4-9|sort -n|uniq -c|grep -v '_'|wc

27 54 365

# 不算前两个，应该是25条

十四题、上面的后缀为BAM 的文件的第二列，只有 0 和 16 两个数字，用 cut/sort/uniq等命令统计它们的个数。

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~$ samtools view ~/test/rmDuplicate/samtools/single/tmp.sorted.bam |cut -f2|sort|uniq -c

29 0

24 16

十五题、重新打开 rmDuplicate/samtools/paired 文件夹下面的后缀为BAM 的文件，再次查看第二列，并且统计

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/rmDuplicate/samtools/paired$ samtools view tmp.sorted.bam | cut -f2|sort -n |uniq -c

3 83

2 97

9 99

8 147

3 163

1 323

1 353

1 371

1 387

1 433

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cd sickle-results/

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/sickle-results$ tree

.

├── command.txt

├── single_tmp_fastqc.html

├── single_tmp_fastqc.zip

├── test1_fastqc.html

├── test1_fastqc.zip

├── test2_fastqc.html

├── test2_fastqc.zip

├── trimmed_output_file1_fastqc.html

├── trimmed_output_file1_fastqc.zip

├── trimmed_output_file2_fastqc.html

└── trimmed_output_file2_fastqc.zip

十七题、解压 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip 文件，并且进入解压后的文件夹，找到 fastqc_data.txt 文件，并且搜索该文本文件以 >>开头的有多少行？

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/sickle-results/single_tmp_fastqc$ cat fastqc_data.txt | grep '^>>'|wc -l

24

# 也可以使用：

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test/sickle-results/single_tmp_fastqc$ cat fastqc_data.txt | awk '/^>>/{print $0}'|wc -l

24

十八题、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件，去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感兴趣的基因对应的 refseq数据库 ID，然后找到它们的hg38.tss 文件的哪一行。

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat hg38.tss | grep -n "NM_001126113"

29346:NM_001126113 chr17 7685550 7689550 1

十九题、解析hg38.tss 文件，统计每条染色体的基因个数。

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat hg38.tss |cut -f2|sort|uniq -c|grep -v '_'

6050 chr1

2824 chr10

3449 chr11

2931 chr12

1122 chr13

1883 chr14

2168 chr15

2507 chr16

3309 chr17

873 chr18

3817 chr19

4042 chr2

1676 chr20

868 chr21

1274 chr22

3277 chr3

2250 chr4

2684 chr5

3029 chr6

2720 chr7

2069 chr8

2301 chr9

2 chrM

2553 chrX

414 chrY

二十题、解析hg38.tss 文件，统计NM和NR开头的熟练，了解NM和NR开头的含义。

(base) vip39@VM-0-15-ubuntu:~/test$ cat hg38.tss |awk '{print$1}'|cut -c1-2|sort|uniq -c

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