修改 MrBayes 3.2 源码解决不能恢复断点的问题

　　当数据量较大时，用MrBayes进行计算通常是旷日持久的事情，几天甚至几个月。中间如果断电死机什么的发生就很令人发狂了。于是 MrBayes 3.2 svn 版增加了一个断点保存的功能，死机后可以从保存的断点处继续计算。只要在mcmc命令中加入checkfreq=n (n为保存断点间隔的代数）参数即可保存断点；下次从断点继续运算时，在mcmc  命令中加入append=yes参数即可. 

　　碰巧的是，前些天不知道谁把我用来计算的那台服务器的电源碰掉了，我那已经算了20多天的任务啊.....! 　想砍人之余又庆幸事前曾经设置了断点保存。可是当我在mcmc  命令中加入append=yes参数以恢复运算时，不幸的事还是发生了，MrBayes报错并停止：A maximum of 2000 characters is allowed on a single line, The longest line of the file  xxx contains at least one line with 58000 characters.   当时就有欲哭无泪的感觉啊。稍稍平复一下心情，决定还是从程序的源代码查起吧，希望不是一个与算法有关的大bug(小修小改能搞定，跟算法有关的话短时间就没办法搞了)！拿出错消息grep一下所有的源文件，发现问题在这里： 

trunk / src / command.c - 3211 -      /*  find length of longest line  */
trunk / src / command.c - 3212 -     longestLineLength  =  LongestLine (fp);
trunk / src / command.c - 3213 -     MrBayesPrint ( " %s   Longest line length = %d\n " , spacer, longestLineLength);
trunk / src / command.c - 3214 -     longestLineLength  +=   50 ;
trunk / src / command.c - 3215 -     
trunk / src / command.c: 3216 :     /*  check that longest line is not longer than CMD_STRING_LENGTH  */
trunk / src / command.c: 3217 :     if  (longestLineLength  >=  CMD_STRING_LENGTH  -   100 )
trunk / src / command.c - 3218 -         {
trunk / src / command.c: 3219 :         MrBayesPrint ( " %s   A maximum of %d characters is allowed on a single line\n " , spacer, CMD_STRING_LENGTH  -   100 );
trunk / src / command.c - 3220 -          MrBayesPrint ( " %s   in a file. The longest line of the file %s\n " , spacer, inputFileName);
trunk / src / command.c - 3221 -          MrBayesPrint ( " %s   contains at least one line with %d characters.\n " , spacer, longestLineLength);
trunk / src / command.c - 3222 -         nErrors ++ ;
trunk / src / command.c - 3223 -         }
trunk / src / command.c - 3224 - #     if  defined (MPI_ENABLED)

 

　　原来最长行的字符数被 CMD_STRING_LENGTH 所限制。grep搜CMD_STRING_LENGTH，在mb.h中找到：

trunk / src / mb.h - 250 - #define  OMEGA_MAX 1000000.0f
trunk / src / mb.h - 251 -
trunk / src / mb.h - 252 - #define  POS_INFINITY 1E25f;
trunk / src / mb.h - 253 - #define  NEG_INFINITY -1000000.0f
trunk / src / mb.h - 254 -
trunk / src / mb.h: 255 : #define  CMD_STRING_LENGTH 200000
trunk / src / mb.h - 256 -

 

　　原来 CMD_STRING_LENGTH 被限制到了20000，该值已经大大不能符合我的数据要求了。于是操刀将其放大10倍，改为200000。重新编译MrBayes, 再次从断点处回复执行, OK，熟悉的计算过程又回来了。20多天的计算总算没白费。

 

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