在跑贝叶斯树时,有时候会中途断掉,或者跑完迭代数(generation number)后出现了错误,为了避免重新从头开始跑,可以利用Mrbaye的checkpoint 文件 (一般checkpoint文件会默认生成的,后缀名位ckp,或者ckp~)
我碰到的问题就是:我设定的迭代数跑完了,但是在生成一致树时发生了错误了,后来发现在code里面的outgroup的物种名写错了。解决的方法就是在rbcl.nex文件里面,修正outgroup物种的名字,增加了一些迭代数以及加上append=yes后,重新运行rbcl2.nex文件里成功了,具体细节如下。
1、定位到你的Mrbayes文件里。
2、重新编辑rbcl2.nex文件,里面包含你DNA或者蛋白质序列,以及你要跑的code。在rbcl2.nex 文件里面加append= yes, 以及增加你的 generation 数(如果你的程序是在中途断掉,generation可以不用增加)。
3、保存修改后的nex文件,重新运行rbcl2.nex 文件,如execute rbcl2.nex, 程序就重新开始跑了。