实战：用BEAST构建带分子钟的皿蛛分子系统发育树

一、取样：以Wang et.al,2015中L148_r树的taxa为基础，去除重复的taxa，最终得到122个taxa。DNA序列数据L122.nex, 起始树为ML法推断出的besttree。

 二、生成XML文件

        A. 打开BEAUti，将DNA序列数据和起始树导入程序，按以下步骤生成跑BEAST所需的xml文件。。

          （1）定义tMRCA,共4个。

                    Outgroup（2taxa,2种派模蛛,非强制单系）

                     Linyphiidae（120taxa，所有传统分类中定义的皿蛛科物种，非强制单系）。

                     Linyphiidae（117taxa，except stemonyphantes亚科的3个taxa, 强制单系，用于设定化石矫正点）

                     Orsonwelles（2taxa, include Orsonwelles属两种，强制单系，用于设定地质矫正点？）

                    

           （2）核苷酸分子替换模型。Site Model：GTR。事先使用jModelTest等软件对该最适模型及其参数进行判定。此部分请参考高芳銮的博文 http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-791370.html

            (3) 分子钟模型Clock Models。 将Molecular Clock Model选为“Relaxed Clock:Uncor