WDL学习笔记

最新推荐文章于 2024-07-18 15:25:59 发布

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文章标签： java json runtime

原文链接：http://www.cnblogs.com/raisok/p/11151430.html

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本文介绍了Workflow Description Language（WDL）的基本概念、语法特点、变量类型和工作流类型，并强调了WDL在集群运行时的注意事项，如输出管理和本地测试的优势。

摘要由CSDN通过智能技术生成

WDL是什么？

WDL是由Broad Institute开发的一种流程开发语言，全称workflow description language，官方链接如下:https://software.broadinstitute.org/wdl/

WDL的编写

WDL有自己的语法规范，它是一种描述性语言，可读性很高。
每种语言都有自己的hello world，WDL也不例外，示例如下图

workflow helloworld{
    call hello{}
}
task hello{
    String name="brother"
    command{
        echo "hello world" ${name}
    }
}

WDL可以分为两个部分task和workflow，而task部分主要由command和定义的部分组成，command用来写你要运行的命令，定义的部分是一些你会用到的变量，变量包括不同的类型和数据结构，后面会详细的介绍；workflow部分是用来调用写好的task模块，这里可以通过定义不同的输入，设置不同的输出来建立自己需要的工作流程，写好的wdl流程文件一般以.wdl后缀结束。
程序的运行需要用到两个不同的jar包运行命令如下: