GATK官方推荐的workflow语言-WDL

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在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采用WDL进行编写。

WDL是一种流程编写语言，没有太多复杂的逻辑和语法，入门简单。首先看一个hello world的例子

workflow myWorkflow {
    call myTask
}
task myTask {
    command {
        echo "hello world"
    }
    output {
        String out = read_string(stdout())
    }
}

对于一个WDL脚本而言，有以下5个核心结构

1. workflow

2. task

3. call

4. command

5. output

每个脚本包含1个workflow， workflow由多个task构成。 在workflow中，通过call调用对应的task。每个task在workflow代码块之外单独定义。

task代表任务，读取输入文件，执行相应命令，然后输出。command中对应的就是执行的命令，比如一条具体的gatk的命令，output 指定task的输出值。可以将task理解为编程语言中的函数，每个函数读取输入的参数，执行代码，然后返回，command对应执行的具体代码，output对应返回值。

在WDL中，也是可以传递参数的。task和workflow中的写法不同

1. task 中的参数

下面的示意图中，task 有3个输入的参数，文件类型的ref，in 和字符串类型的id。 在command中，通过${ref}这种格式访问变量的值