Bowtie 2使用

参考http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

Bowtie： 25-50 nucleotides

Bowtie 2：50-1000 nucleotides

1. 建立索引

 $ bowtie2-build file.fasta file

2. 比对

 $ bowtie2 -p 4 -x file -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -S eg2.sam  (双端)   --un unalingedpairends (输出未比对上的序列)

 $ bowtie2 -p 4 -x file -U reads_1.fq -S eg1.sam  (单端)

 

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