ms 真空层_MS建立分子模型讨论专题 - 【Materials Studio】 - 分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums - Powered by Discuz!...

Materials Studio

1、关于画苯环

很多初学者经常会把环己三烯和苯环相混淆。表面上看,凯库勒式是一样的。实际上在MS中二者是截然不同的。画苯环最简单的方法是:Alt+六元环画笔。第二种方法就是先画一个六元环,再按住Shift键选中六个环单键,将其改为partial double bond。

当我们考察各种种画法是否相同,可以考察电荷。刚画好的环己三烯和苯环所有原子的电荷都为0(可以从properties浏览器中看到)。这是因为画3D模型只是第一步,我们并没有用力场定义它们。很多朋友往往认为画好就行了,马上就可以用模块算,这种想法是导致许多严重错误的根源。我向大家建议一个好的习惯:画好模型后,用Discover--〉Setup--〉Energy页中选中compass力场(最常用的定义最全力场),再在Typing页中按下calculate键,马上分子里的所有原子都具有了电荷。

细心的朋友可能发现菜单Modify下面有一个charge项,里面也有一个calculate按钮。这个按钮和discover-->setup-->typing中的calculate有着本质的不同。请大家不要随便按。好奇的可以看看相关help。

2、我犯的第一个错误:加H

最开始我用MS2.0中的Amorphous Cell做柴油降凝,画C16的长链。画完了没有加H,当时我写有机的简单式写惯了,总认为H可以忽略,结果放到无定形晶胞中的都是灰色的“碳虫”。结果居然还能够做动力学运算,甚至可以给出最小均方位移!不管怎么解释,这样做都是不对的。谁见过光秃秃的碳还是单键连着的?!不知现在能否同纳米形态解释当初的计算结果。大家可以不加H试试,但是绝对要养成画好后按下加H的习

  • 3
    点赞
  • 17
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值