ms 真空层_MS建立分子模型讨论专题 - 【Materials Studio】 - 分子模拟论坛 Molecular Simulation Forums - Powered by Discuz!...

Materials Studio

1、关于画苯环

很多初学者经常会把环己三烯和苯环相混淆。表面上看，凯库勒式是一样的。实际上在MS中二者是截然不同的。画苯环最简单的方法是：Alt+六元环画笔。第二种方法就是先画一个六元环，再按住Shift键选中六个环单键，将其改为partial double bond。

当我们考察各种种画法是否相同，可以考察电荷。刚画好的环己三烯和苯环所有原子的电荷都为0(可以从properties浏览器中看到)。这是因为画3D模型只是第一步，我们并没有用力场定义它们。很多朋友往往认为画好就行了，马上就可以用模块算，这种想法是导致许多严重错误的根源。我向大家建议一个好的习惯：画好模型后，用Discover--〉Setup--〉Energy页中选中compass力场(最常用的定义最全力场)，再在Typing页中按下calculate键，马上分子里的所有原子都具有了电荷。

细心的朋友可能发现菜单Modify下面有一个charge项，里面也有一个calculate按钮。这个按钮和discover-->setup-->typing中的calculate有着本质的不同。请大家不要随便按。好奇的可以看看相关help。

2、我犯的第一个错误：加H

最开始我用MS2.0中的Amorphous Cell做柴油降凝，画C16的长链。画完了没有加H，当时我写有机的简单式写惯了，总认为H可以忽略，结果放到无定形晶胞中的都是灰色的“碳虫”。结果居然还能够做动力学运算，甚至可以给出最小均方位移！不管怎么解释，这样做都是不对的。谁见过光秃秃的碳还是单键连着的？！不知现在能否同纳米形态解释当初的计算结果。大家可以不加H试试，但是绝对要养成画好后按下加H的习