利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图
作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬
Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,700次。
Canoco 5是一套全新的,几乎完全重构的Canoco软件版本,在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进,并增加一些新的分析方法(比如PCNM)和完善了绘图功能。
本文以土壤理化因子和微生物物种数据为例,简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深,不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。
软件测试版安装包、安装说明和测试数据,后台回复”canoco5”获取。
准备物种和环境数据
物种数据(Phylum.xlsx),门水平(任何层面读者任选,自行准备),MT处理组3个重复,HY处理组3个重复
环境数据(SP.xlsx),理化因子,MT处理3个重复,HY处理3个重复
点击“File”,选择“Import project”-“from excel …”弹出对话框。点击“Add files…”选择物种数据(phylum.xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。
点击“Next”,出现新的对话框,将“Selected worksheets will define…project tables“中的数字改为2。
点击“Next”,出现新的对话框,在“Choose sheet with data”中选中物种数据,在“Table name”中输入命名(Microbe)。
点击“Next”,出现新的对话框,默认选项。
点击“Next”,出现新的对话