分析 做cca_Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

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利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图

作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,700次。

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Canoco 5是一套全新的,几乎完全重构的Canoco软件版本,在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进,并增加一些新的分析方法(比如PCNM)和完善了绘图功能。

本文以土壤理化因子和微生物物种数据为例,简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深,不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。

软件测试版安装包、安装说明和测试数据,后台回复”canoco5”获取。

准备物种和环境数据

物种数据(Phylum.xlsx),门水平(任何层面读者任选,自行准备),MT处理组3个重复,HY处理组3个重复

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环境数据(SP.xlsx),理化因子,MT处理3个重复,HY处理3个重复

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点击“File”,选择“Import project”-“from excel …”弹出对话框。点击“Add files…”选择物种数据(phylum.xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。

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点击“Next”,出现新的对话框,将“Selected worksheets will define…project tables“中的数字改为2。

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点击“Next”,出现新的对话框,在“Choose sheet with data”中选中物种数据,在“Table name”中输入命名(Microbe)。

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点击“Next”,出现新的对话框,默认选项。

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点击“Next”,出现新的对话

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### 回答1: CCACanonical Correlation Analysis)是一种统计分析方法,用于寻找两个多元变量集之间的相关关系。Python提供了多种库可用于实现CCA分析,如numpy、scipy等。下面简单介绍一下在Python中如何进行CCA分析并画出triplot。 1. 导入必要的库 ```python import numpy as np from scipy.linalg import eigh import matplotlib.pyplot as plt ``` 2. 准备数据 假设我们有两个多元变量集X和Y,它们的形状分别为(n_samples,n_features_x)和(n_samples,n_features_y)。 3. 计算CCA 首先,我们需要计算X和Y之间的相关系数矩阵R_xy。 ```python R_xy = np.corrcoef(X.T, Y.T)[:n_features_x, n_features_x:] ``` 然后,我们需要计算X和Y之间的冗余度矩阵C_xy。 ```python C_xx = np.cov(X.T) C_yy = np.cov(Y.T) C_xy = np.dot(np.dot(np.sqrt(np.linalg.inv(C_xx)), R_xy), np.sqrt(np.linalg.inv(C_yy))) ``` 最后,我们通过求解广义特征值问题得到X和Y之间的主成分。 ```python _, w = eigh(C_xy) ``` 4. 绘制triplot 我们可以使用matplotlib中的triplot函数来绘制triplot,其中X表示X的主成分,Y表示Y的主成分。 ```python plt.triplot(X[:, 0], X[:, 1], triangles=triangles, color='b', lw=2, label='X') plt.triplot(Y[:, 0], Y[:, 1], triangles=triangles, color='r', lw=2, label='Y') plt.legend() plt.show() ``` 在这个例子中,我们假设X和Y的主成分分别为X[:, 0]、X[:, 1]和Y[:, 0]、Y[:, 1],triangles表示每个三角形的顶点索引。 综上,以上是在Python中使用CCA分析绘制triplot的简单方法。 ### 回答2: CCACanonical Correlation Analysis)是一种广泛应用于数据分析、模式识别、多变量统计分析等领域的方法。Python作为一种常用的编程语言,也可以用来进行CCA分析以及画triplot。 在Python中,可以使用sklearn库进行CCA分析。首先,需要导入库并读取数据集。接着,可以使用CCA类进行分析,其中的n_components参数指定了要保留的主成分数量。 以下为CCA分析的核心代码: ```python from sklearn.cross_decomposition import CCA X, Y = load_data() # 读取数据 cca = CCA(n_components=2) # 定义CCA分析对象 cca.fit(X, Y) # 进行CCA分析 X_c, Y_c = cca.transform(X, Y) # 转换为CCA空间 ``` 接下来,可以使用matplotlib库中的triplot方法画出triplot。Triplot是一种能够表现三个维度的形,由三个基础向量构成,可用于可视化重构的视角、表现物体三维轮廓、表现N元分析或PCA的结果、有效计算并确定各种形态的变形路径等。 以下为画triplot的代码: ```python import matplotlib.pyplot as plt from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D fig = plt.figure(figsize=(8, 8)) ax = fig.add_subplot(111, projection="3d") ax.set_xlim([-5, 5]) ax.set_ylim([-5, 5]) ax.set_zlim([-5, 5]) ax.quiver( [0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0], [1, 0, 0], [0, 1, 0], [0, 0, 1], color=['r', 'g', 'b'], length=1.0 ) plt.title("Triplot") plt.show() ``` 最终,可以将以上代码结合起来,完成在Python中进行CCA分析并画triplot的任务。 需要注意的是,这里给出的代码只是一个基本的示例,并不一定对所有场景都适用。具体情况还需要根据实际需求进行修改和扩展。 ### 回答3: CCA是一种常用的多元数据分析方法,可以用于探究两组或更多组变量之间的相关关系。Python是一种强大的编程语言,拥有很多强大的科学计算库和绘库,因此Python可以用于进行CCA分析绘制triplot。 首先,需要使用Python中的CCA库进行CCA分析,其中比较常用的库有scipy和caret。其中,scipy中的spatial.distance.cdist函数可以用于计算两组变量之间的距离矩阵,而sklearn.cross_decomposition库中的CCA函数可以用于进行CCA分析。 接下来,需要绘制triplot。triplot是一种散点展示方式,可以用于呈现多个数据元素之间的差异或相似性。例如,如果想要比较两组数据之间的相关关系,可以使用triplot来展示它们之间的距离或相似性。 在Python中,可以使用matplotlib中的triplot函数绘制triplot。要绘制triplot,需要将需要比较的数据组成一个三元组,然后使用matplotlib.tri.Triangulation函数将每个数据组转换为三角形网格形式。接下来,可以使用matplotlib.pyplot.scatter函数绘制散点,并使用linewidths来表示每个散点的大小。最后,可以使用matplotlib.pyplot.triplot函数画出三角形。 综上所述,Python可以使用其强大的科学计算库和绘库来进行CCA分析绘制triplot。这种方法可以将分析结果直观地展现出来,有助于加深对数据之间关系的理解。

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