实现卷积_R语言实现表达数据的反卷积

最新推荐文章于 2024-05-05 08:37:25 发布
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文章标签： 实现卷积
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_32306771/article/details/112701124
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本文介绍了如何在R语言中使用DeMixT包对含有肿瘤和免疫细胞的混合样本进行转录组数据的反卷积，通过参考数据计算各部分比例，详细解释了包的安装、主要函数及其参数，并提供了应用实例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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大家对转录本测序已经耳濡目染，但是我们由于当时组织的选择并不能做到100% 的肿瘤，因为比例很小也就直接忽略了。为此，很多学者就在研究相关的算法旨在解决这个问题。我们今天就为大家介绍一个在R语言中实现的对样本测序的反卷积算法。我们引用作者文章(Wang Z, Cao S, Morris J S, et al. Transcriptome Deconvolutionof Heterogeneous Tumor Samples with Immune Infiltration[J]. iScience, 2018, 9:451-460.)中的图形摘要做个简单的描述：

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从上图我们可以直观看出此模型主要是基于参考数据对输入的样本表达数据进行各部分比例的计算。为此他们构建一个R包DeMixT。

接下来我们就为大家介绍下此包的如何使用。首先是包的安装，这需要我们先安装devtools然后借助gitHUB源安装：

devtools::install_github("wwylab/DeMixTallmaterials/DeMixT_0.2")(已安装openMPI)devtools::install_git
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陈不诌
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