凋亡比例计算 流式_FlowJo基础讲解以及凋亡、周期的数据分析

FlowJo基础讲解以及凋亡、周期的数据分析

 技术简介 

FlowJo是一款广泛应用的流式细胞数据分析软件，通过图像分析细胞的各种变化，利用软件自带的分析功能，结合细胞模型创建合理的数据分析平台。它是20世纪90年代由斯坦福大学专家Mario Roederer等开发，从最初的V1版本到现在的V10.5版本，经历了和Windows一样长的发展历史。其在顶尖免疫学杂志上的使用率高达97%。

FlowJo具有全面专业的分析功能。

 软件特色 

1、阶梯式设门

FlowJo独特的阶梯式设门是一次革命性的创新。他一改传统复杂的逻辑门设置，将细胞群之间的逻辑关系用简单的递进阶梯式去呈现，并可以自定义细胞群名称、进而直观的实现细胞群统计值，让分析结果一目了然，简单清晰。

2、图像呈现法

FlowJo提供了灵活的数据呈现方式，全方位满足用户的数据分析需要。它可以呈现一维的直方图，传统的二维图形，及动态立体的三维图形，从多个角度和空间对数据进行360°的静态以及动态解析。

3、多种图形类型

FlowJo除了提供传统的散点图，还提供多种图形类型(如密度图，等高图，伪色图，斑马图等)，在满足不同分析需求的同时还保证了图像的美观和科学严谨需求。

4、多种设门工具

设门是流式数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管要检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布，小概率事件还是大概率事件，FlowJo提供了多种设门工具，从而让用户方便的界定各种细胞群。

5、强大的批量处理功能

用户可以做一个样品的门分析，然后将这个分析批处理应用到其他样品上;也可以做一个样品的图形分析，然后将这个分析批处理用到其他样品上。这样避免了对每一个样品进行重复性的分析，即保证了数据分析的一致性及灵活性，同时也极大地提高了分析的效率并且得到完美的分析结果。

 实例应用 

细胞周期(Cell Cycle)

细胞周期的检测是流式细胞仪最为广泛的应用之一。细胞周期是指以有丝分裂方式增殖的细胞从亲代分裂结束到子细胞分裂结束所经历的过程。通常由G1期、S期、G2期和M期组成。细胞在G1期完成必要的生长和物质准备，在S期完成染色体DNA的复制，在G2期进行必要的检查和修复，以保证DNA复制的准确性。在M期完成遗传到子细胞中的均等分配，使细胞进行分裂。

细胞周期检测中PI最为常用。PI为嵌入式核酸荧光染料，能选择性的嵌入核酸DNA和RNA双链螺旋的碱基之间与之结合，其结合的量与DNA的含量成正比例关系，用流式细胞仪进行分析，就可以得到细胞周期各个阶段的DNA分布状态，从而计算出各个期的百分含量。

以cell cycle 文件夹中的5206.001，PI标记为例，设门选取目标细胞群体，将细胞碎片排除在外。即双击工作台中的5206.001样本，打开图形窗口。X轴选择FSC-H，Y轴选择SSC-H，细胞碎片位于左下角的位置，设门选中目标细胞，如下图：

设门选中要进行细胞周期分析的单细胞群体，排除粘连细胞(粘连在一起的双细胞或多细胞团块等)的影响。X轴选择FL2-W(width)，Y轴选择FL2-A(area)，设门方式如下图：

BD的流式仪采集的数据：在进行周期分析的时候，通常是采用FL2-A与FL2-W(或者FL2-A与FL2H)进行设门。

Beckman的流式仪采集的数据：X轴选择FL3-LIN,用来表示PI的线性信号。Y轴选择FL3-PEAK,用来表示PI的峰值信号。设门方式如下图：

在FlowJo工作台中选中“单细胞群体”这个节点，在菜单栏的“工具”中选择“细胞周期”，打开周期分析窗口。得到G1期、S期、G2期细胞百分比，G1期CV值和G2期CV值等数据。

图中粉色的曲线是周期拟合的模型曲线，黑色的为样本曲线。理想状况是粉色和黑色曲线吻合一致为最佳。拟合的好坏可以根据右边的RMS值来判断。RMS(root mean square error)值越小越好，当周期拟合的不好的时候，可以通过更换拟合模型(Watson和Dean-Jett-Fox)或者更改限制条件确保(G2是G1的两倍)进行调整。

 培训信息 

时间：2020年8月21日(周五)下午14:00--15:30

主讲人：高小惠 上海优宁维公司流式技术支持

主题：FlowJo基础讲解以及凋亡、周期的数据分析

培训地点：科教楼6楼会议室(无需报名直接参加，不限人数)

培训内容：

• FlowJo基础讲解：

1. FlowJo工作区窗口(workspace、add samples、check sample quality)

2. 图形窗口和画门(门的类型、T的用法、应用到组)

3. 添加统计信息

4. 布局编辑器(通道选项、字体颜色、叠加、批处理)

5. 数据导出及工作区保存

• 凋亡、周期的数据分析：

1. 凋亡数据分析(画门逻辑、补偿、应用)

2. 周期分析(手动、自动)

联系人：朱珊珊

联系方式：18857746004

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