专栏十六：bulk以及单细胞空转中的progeny通路分析

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已于 2023-12-20 09:52:36 修改

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分类专栏： R语言单细胞空间转录组绘图代码文章标签： r语言生物信息学学习

于 2023-12-19 21:49:38 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/135094699

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本文介绍了R包PROGENy如何在bulk和单细胞RNA测序数据中进行通路分析，包括通路基因集信息提取、decoupleR包的使用，并提供了一种针对Visium空间转录组数据的分析方法。主要涉及Androgen、EGFR、Estrogen等14种生物通路，并展示了不同方式提取通路信息的方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

progeny本身有自己的R包，可以提取通路基因集信息，团队把他嵌入另一个R包decoupleR中完成富集分析。decoupleR自己有详细的针对bulk和scRNAseq的教程,这里补充汇总一下他的数据提取和另一种分析思路

简单安装一下

devtools::install_github('saezlab/OmnipathR')
devtools::install_github("saezlab/progeny") 
BiocManager::install("saezlab/decoupleR")

Inside PROGENy, one can find gene signatures for 14 different pathways:

Androgen: involved in the growth and development of the male reproductive organs.
EGFR: regulates growth, survival, migration, apoptosis, proliferation, and differentiation in mammalian cells
Estrogen: promotes the growth and development of the female reproductive organs.
Hypoxia: promotes angiogenesis and metabolic reprogramming when O