BLAST - 序列数据库搜索

最新推荐文章于 2022-08-28 21:12:30 发布
最新推荐文章于 2022-08-28 21:12:30 发布
阅读量536 收藏
点赞数
文章标签： 数据库

我生信入门，老师就要求我学好blast比对，说得也确实是很有道理，是个人都知道比对是最基本的东西，现在再想想那老师的建议，也只能呵呵一笑。

北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索，可以好好看看，快速入门。

序列数据库搜索

 

 

BLAST算法

Basic Local Alignment Search Tool

 

BLAST使用

weixin_33766168
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
生信入门：序列比对之blast在线和本地使用
m0_46757774的博客
04-02 3万+
主要内容 1 背景 2 在线blast 3 本地blast 3.1 老版本blast 3.2 新版本blast 背景 序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。 blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许...
生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明
最新发布
zrc_xiaoguo的博客
10-30 5399
Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。
本地化BLAST+进行目标序列比对
Charlotte的博客
07-01 4636
一、在NCBI 中搜索BLAST 点击这个，然后 来到这个页面，再点 来到了这个下载页面，选择合适的，开始下载 二、开始安装 建议不要安装在C盘。 安装结束后，然后设置环境变量，在path后，添加一句：D:\blast-2.12.0+\bin 然后打开cmd，输入blastn,出现下图所示，就证明按照成功。 ...
序列比对-BLAST
wangprince2017
05-19 2万+
一.BWA BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似算法组成： BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。 三种算法的使用范围 BWA-back...
利用BLAST进行序列比对和寻找同源基因
热门推荐
dpsh_6的博客
03-10 3万+
NCBI BLAST是最常用的短序列局部比对软件之一，学习一下软件参数，并这记录一下我的软件操作的命令行。 NR 库分割参考Gu Kai老师的笔记：http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673 1. 软件版本 我部署在服务器上的是version 2.8.1 ，因为其支持物种注释以及分割的NR子库的索引作为比对的库，使用比较方便，但...
blast-2.2.26-x64-linux
06-23
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种高效的序列比对工具，用于快速查找数据库中与查询序列具有高度相似性的序列。标题中的"blast-2.2.26-x64-linux"表明这是...
ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux .tar.gz
11-18
BLAST的核心功能包括快速的序列比对算法，能够在海量序列数据库中搜索相似片段。这一版本的BLAST提供了多个子程序，如blastn（用于DNA-DNA比对）、blastp（用于蛋白质-蛋白质比对）、blastx（用于DNA到蛋白质的翻译...
BLAST相似序列的数据库搜索.pdf
10-11
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于在大型序列数据库中寻找与给定序列相似的序列。它通过快速的算法来识别具有高度相似性的短片段，从而帮助研究人员发现可能的同源...
教你使用NCBI-PDB数据库(“序列”相关文档)共62张.pptx
11-14
* Swiss-Prot 数据库：Swiss-Prot 数据库是一个蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质序列信息和知识库。 * TrEMBL 数据库：TrEMBL 数据库是一个蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质序列信息和知识库。 本资源...
Blast 几种方法的具体用法以及含义
m0_50889751的博客
08-28 3507
Blast 方法
python使用集合实现筛选法求素数-Python实现筛选法求素数
weixin_37988176的博客
11-01 5606
计算素数的一个方法是埃氏筛法，它的算法理解起来非常简单：首先，列出从2开始的所有自然数，构造一个序列：2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ...取序列的第一个数2，它一定是素数，然后用2把序列的2的倍数筛掉：3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 1...
blast序列比对参数的含义
qq_29423387的博客
01-01 3091
参考链接
快速获取想要的基因序列（批量）+后续blast
chen_amiao的博客
02-28 7483
total steps of getting fasta file you need & blast
轻松理解BLAST搜索原理
weixin_46432623的博客
04-14 9070
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基于局部比对搜索工具 （基于北京大学的生物信息学课程总结） 序列比对一般使用动态规划算法 (Simith-waterman 算法) 来实现， 对于两两比对(pairwise-alignment)而言，大O时间为Cmn (c为常量，表示单位操作时间， m， n分别为序列长度)。 如果使用动态规划算法比对数据库中的每一条...
序列比对算法-计算生物学
SoundSlow的博客
10-08 1万+
1.序列比对指将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T(或U), C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表示）排列在同一列上。这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。进行相似度分析。 2.分类 全局比对：将两个序列中的所有字符都进行依次比对，由于各方面的缺陷，
BLAST帮助
张文倩(数据库学生)
10-10 7996
Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对
qq_39859424的博客
11-27 5132
是一篇来自2018年10月7日的笔记。当时做了一批土壤氨氧化细菌(AOA/AOB)的amoA基因的克隆测序，需要对测序结果进行批量鉴定。为了节省时间，自学了blast本地比对，当时还使用的blast-2.7.1+版本。现在随意从NCBI下载了一些序列，重现并更新一下笔记。 一、软件安装 现在是ncbi-blast-2.12.0+版本，下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。 # Linux下载 wget
python blast在线比对 每天最多数万条
liberal_wind的博客
09-05 5524
python blast在线比对、每天可达数万条 背景：在碱基序列，如 TRINITY_DN931509_c0_g1_i1 GCACGTTCTTCTCGATGCTGACGGAGCGAGGCGCGCTGGCGGAGCTGATGGC GGCGCAGCTGGAGCGAGGGCGCACGCCGCGGGTGCGCCGGCGCCGGCCGC GCCCCAGGCCCAGGGCCAGG...
ncbi-blast 本地安装
weixin_30565327的博客
08-15 3563
详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你...
"NCBI-PDB数据库：序列采集、存储、查询
讲座指出，NCBI-PDB数据库不仅存储了蛋白质和核酸序列数据，还提供了对这些数据的搜索和查询功能。 随后，讲座介绍了序列数据的文件格式。常见的序列文件格式包括FASTA和GenBank。FASTA格式是一种简单的文本格式，...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值