Blast 几种方法的具体用法以及含义

基本原理：对片段对的概念。所谓片段对是指两个给定序列中的一对子序列，它们长度相等，且可形成无空位完全匹配。

种类：

1. Blastp：蛋白质序列去蛋白质数据库。
2. Blastn:核酸序列去核酸数据库。
3. Blastx：将核酸按照6条翻译成蛋白质序列再在蛋白质里进行搜索。

应用：主要对于核酸未知的序列，将其翻译成蛋白质序列再在蛋白质数据库搜索。

1. tblastn:用蛋白质序列搜索核酸序列数据库，核酸数据库中按照6条翻译链翻译成蛋白质序列搜索。

应用：主要对未知的蛋白质序列进行搜索。蛋白质库中没有该序列，但是核酸数据库中可能有。

1. tblastx:将核酸序列按照6条链翻译成蛋白质序列后搜索核酸序列数据库，数据库的中核酸序列按照6条链翻译成蛋白质序列再进行搜索。

应用：对于未知的核酸序列（利用6条链翻译成蛋白质序列a），利用核酸数据库进行翻译，然后得到蛋白质数据库（核酸数据库通过6条链翻译成蛋白质数据库A），再用a 在B中查找。与tblastn不同的是需要转义一步。

标准BLAST，PSI-BLAST（就近搜索，不断进行迭代），PHI-BLAST之间的示意图：