用cmscan挖掘ncRNA信息

0.准备工作：

1. 获取Rfam种子
2. 获取Rfam的claninfo
3. 软件安装
4. 待处理物种的基因组文件

新建一个专门用于处理RNA的文件夹mkdir Cmscan

获取种子和chanin文件

下载Rfam种子：

axel -q ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/13.0/Rfam.cm.gz

下载clanin文件：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/13.0/Rfam.clanin

软件安装

用conda安装infernal软件

conda install infernal

源码安装

http://eddylab.org/infernal/

官网提供可下载的源码和User's Guide&