一个用interproscan做基因注释的简易教程

官网地址：

http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html

github使用手册地址：

https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki

1.下载、解压、安装

下载链接：

nohup wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.28-67.0/interproscan-5.28-67.0-64-bit.tar.gz &

因为压缩包有11G左右，所以最好还是用nohup后台下载，以防网络因素导致下了一半得重新下的情况。

解压：

tar -pxvzf interproscan-5.28-67.0-*-bit.tar.gz

这里参数p是 :

p = preserve the file permissions
#即保存文件权限

安装Panther模块

panter库需要单独安装。

下载&解压

cd [InterProScan5 home]/data/
nohup wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/data/panther-data-12.0.tar.gz &
tar -pxvzf panther-data-12.0.tar.gz

The pre-calculated match lookup网页服务器能够提供超过3千万蛋白序列的比对，包括所有的UniProtKB蛋白序列.
InterProScan 5使用这个服务器能够加速本地服务器的速度。
这是这个版本的特点，要想使用这个服务器的话，需要电脑能上网：http://www.ebi.ac.uk to use it.
 如果你的电脑防火墙阻止访问这个网站，你课以下载本地化的InterProScan 5 lookup service（https://code.google.com/p/interproscan/wiki/LocalLookupService）
或者关掉这个功能关掉这个功能的时候，你可以在命令行加入-dp 或者修改interproscan.properties 
在前面加一个#注释掉即可
 precalculated.match.lookup.service.url=http://www.ebi.ac.uk/interpro/match-lookup

最基本使用模式：

./interproscan.sh -i /path/to/sequences.fasta –o /san/ –goterms –iprlookup –pa -f xml