interproscan的安装和运行,很多网站都有介绍,这里主要介绍下我做的性能测试。
今天bbsunchen做了interproscan性能测试,具体数据不能公布,结果大致如下:
1.interproscan运行时,蛋白质平均长度对运行时间影响不大。
蛋白质平均长度是30aa和蛋白质平均长度是300aa时,运行效率都大致维持在100条序列/小时
2.是否进行crc64计算对运行时间影响不大。不进行crc64运算,30aa平均长度,100条序列节省的时间大概在2分钟左右。
3.用全部数据库参与比对比不用全部数据库,运行时间消耗高一倍。
4.用7个数据库和用3个数据库参与比对,运行时间相差不大。
注:相差不大或影响不大,就是差别在1分钟之内。