Rosalind工具库：FASTA/LALIGN

基因组不同区域在进化上的速率是不同的。在编码区的碱基突变可能会导致氨基酸性质发生改变导致后代死亡，以及插入缺失导致开放读码框(ORF)变化，因此编码区更有可能是同义的点突变。但是对于非编码区，比如说内含子或者是基因间隔区，突变对生物体的生存影响不大，因此更容易出现插入、缺失、倒置和重复这些变异。

在1940~1950年期间，Barbara McClintock 在玉米中发现了转座子现象，并证明许多基因组重排是因为转座子在基因组上移动引起。

下图表明基因组原本只有两个转座子，由于姊妹染色单体之间的Tn插入重拍最后形成了三个转座子。

transposon

基因组上的转座子不需要完全一致就能够发生重拍，因此无法使用传统的局部联配找到序列中的多个重复，因为它只会找到最优的联配。比如说"AAAATTTTT"和"TTTTTAAAA"的局部最优联配只会得到

001    1 TTTTT 5
         |||||
002    5 TTTTT 9

为了找到序列中AAAA部分的联配，我们就需要用到次最优联配技术，它能获取不止一个的不同位点局部联配，因此还能在上面的基础上得到如下的联配

001    6 AAAA 9
         ||||
002    1 AAAA 4

实现亚最优联配的工具为FASTA/Lalign，输出结果和EMBOSS的Needle和Water类似

问题： 给定两条DNA序列(A,B)，两者存在32~40 bp的不精确重复序列C。使用Lalign的网页工具 ，请给出长度在32~40之间的C序列分别在A和B里出现了几次

学会看结果图就行了。

以Rosalind12为背景

以Rosalind37为背景