bwa计算wig文件

最新推荐文章于 2023-06-22 14:59:02 发布

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文章标签： python

原文链接：https://my.oschina.net/u/3722845/blog/3000843

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bwa会输出mapping不上的reads例如：

A00268:187:H5HVYDSXX:2:1101:22824:1532 77 * 0 0 * * 0 0 TGGGCCTCGGCCAGCGGGTTGATCAGCACCTGCTCGTTGCGCAGGTCCATCTTGCGGTTGACCTTGGGCGGCCTTTTGGCGACGAAGACGCCGTTCTCGACATAGAGGTTGCCACGCTGCAGCTGCCGGCCATCGAACCAGCGGGCGTTC FF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XS:i:0

77 = 64+8+4+1(first segement+next segement in the template unmapped +segement unmapped+paired)

A00268:187:H5HVYDSXX:2:1101:22824:1532 141 * 0 0 * * 0 0 CCGCGACTTGCCCGCTGAAGCCTCCCGCCCTTGCGATTTCTGATCCCCCTCCTGCTGCTCGCCAGCGGCCTGGCCCAGGCACAGGCGACCGGGCAGCCCTACCAGGCCAGCGCCCCGCTGTCCTGGGAACTGAAGAACGCCCGCTGGTTC FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XS:i:0

所以会导求出来的wig文件有 * 这个作为scaffold，导致转化bw的时候出问题

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