python根据序列长度筛选序列，查找序列中指定碱基序列

先把所有的fasta 序列合并为一个文件

cat *.fasta > result_all_Sequence.fasta

筛选大于90bp的

然后查找其中的GCAT

from glob import glob
import os

os.chdir("D:\\")

file_in = open("result_all_Sequences.fasta", 'r') #定义文件file_in，为打开文件result_all_Sequences.fasta


fa_Con = file_in.read()           #.read()是把文件的全部内容读进来

file_in.close()                   #.close()是把文件关闭

every_fas =  fa_Con.split(">")    #.split(">")是指以>为分隔符把字符串分割为列表，分割后的列表里面不会包含>,即分割后>消失

## 写入文件

out_file = open("res.fasta", 'w') #  w是可写

for i in every_fas:
    if i != "":
        start = i.index("\n")
        if len(i[start:]) >= 90:
            out_file.write(">" + i)
out_file.close()


# 读取刚刚筛选过