解决samtools报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name....

根据Samtool 的manual文档介绍，如果想搜索bam文件的某段区域，需要用到以下命令：

samtools view aln.sorted.bam chr2:20,100,000-20,200,000

　　于是聪明的我也跟着命令搜索了这段区域的序列，结果报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway.

搜索了一堆资料后，直到遇见了这个问题，里面有一句话是这么说的：there is no such chromosome "chr2" in the bam. try "2". 瞬间开悟，于是将命令行的chr2修改为2,见如下命令：

samtools view aln.sorted.bam 2:20,100,000-20,200,000

　　成功解决了

 

参考链接：

https://www.biostars.org/p/251354/

http://www.htslib.org/doc/samtools.html

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/9188242.html